Когда между Цезарем и Помпеем в 49 году до н. э. развязалась гражданская война, Брут, как ни странно, встал на сторону Помпея, убийцы своего отца. Скорее всего, он просто последовал примеру дяди Катона, предпочитавшего оставаться в лагере Помпея. Во время сражения при Диррахии (Адриатическое побережье современной Албании) Брут даже отличился. Удивительно, что после разгрома армии Помпея при Фарсале (в Северной Греции) в 48 году до н. э. Цезарь, несмотря на явное противостояние Брута, сохранил ему жизнь. Мало того, Брут после этого получил несколько ответственных должностей. В 46 году до н. э. он был назначен проконсулом Цизальпийской Галлии, в 44 году до н. э. – городским претором в Риме. Далее, в 43 году до н. э., Цезарь планировал назначить Брута правителем Македонии, провинции к северу от Греции, а затем и консулом, но, увы, этим планам не удалось свершиться.
Император выказывал Бруту явные знаки своего расположения, но тот оставался равнодушным. И вместо благодарности Брут ответил подлым предательством. Его заинтересовало предложение Гая Кассия Лонгина умертвить великого диктатора. Вскоре Брут стал главой заговора, а затем и главным участником жестокой расправы. Официальная версия, описывающая обстоятельства убийства, обессмертила горестное восклицание божественного: «И ты, Брут!». Не ожидал Цезарь увидеть среди нападавших на него сенаторов с обнаженными клинками своего любимца Брута.
Несмотря на то что большинство сенаторов были недовольны последними действиями Цезаря, после его трагической смерти имя императора было возвеличено, некоторые его реформы остались в силе и нашли дальнейшее развитие. На торжественных похоронах Цезаря его ближайший соратник Марк Антоний произнес проникновенную и пламенную речь. Вождей заговора римляне осудили, и им ничего не оставалось делать, как покинуть столицу.
В сентябре 44 года до н. э. Брут отправился в Афины, потом на север – в Македонию (именно эту провинцию назначил ему Цезарь). Квинт Гортензий, проконсул этой провинции и сын знаменитого оратора Гортензия, уступил свое место Бруту, сочтя его притязания вполне законными. Таким образом, Брут вскоре получил и провинцию, и ее армию.
Но в Риме своевольное проконсульство Брута вызвало не‑ одобрение. Кроме того, Антоний, имеющий больше прав, сумел добиться у сената этой должности для себя, а вернее, для своего брата Гая. В марте 43 года до н. э. Гай отправился в Македонию через Адриатическое море. Но как только он сошел на берег, войска Брута принудили его сдаться, а затем заперли в Аполлонии. Сенат был вынужден утвердить Брута в должности проконсула этой провинции. Когда же в апреле 43 года до н. э. Антоний потерпел поражение в битве при Мутине в Северной Италии, Брут, теперь уже вместе с Кассием, был назначен главнокомандующим войсками всех восточных провинций. Обладая такой мощной армией, Брут не замедлил снарядить поход в основном ради добычи, выбрав для этих целей фракийцев.
Тем временем в Риме был создан второй триумвират. В ноябре 43 года до н. э. Марк Антоний, Октавиан (будущий Август) и Марк Эмилий Лепид объединили свои армии для борьбы против прочих претендентов на римский престол. Брут входил в число противников и прекрасно понимал, что ему придется воевать с коалицией. Он поспешил перебраться в Малую Азию, где надеялся сформировать достойную соперника армию: набрать побольше людей, организовать флот, а главное – собрать необходимые для всего этого денежные средства. После этого Брут планировал присоединиться к армии Кассия. Но, пока он занимался сбором денег (для этого ему пришлось побывать в Ликии на побережье Малой Азии, на острове Родос, а также у берегов), драгоценное время было упущено. Лишь во второй половине 42 года до н. э. армии Брута и Кассия воссоединились и двинулись на запад.
К этому времени Антоний и Октавиан сумели как следует подготовиться. Встреча противников произошла в Македонии. В первом бою Брут одержал победу над Октавианом, но Кассий не выдержал накала битвы; в один из моментов ему показалось, что сражение проиграно, и он в отчаянии покончил с собой. Кассий бросился на свой меч (такую же смерть позже принял Марк Антоний). Три недели спустя состоялось второе сражение, и тоже при Филиппах. На этот раз Брут, убитый горем после смерти Кассия, был повержен, а его армия разгромлена. Оставшиеся в живых солдаты разбежались, Бруту оставалось только последовать примеру своего почившего товарища. Как утверждают некоторые источники, доблестному воину не хватило отваги самому кинуться на меч, и он попросил одного из своих солдат заколоть его. Так или иначе, но 23 октября 42 года до н. э. Брута не стало.