Удалось выяснить ещё один любопытный факт: летом 1917 года русская агентура, работавшая в Германии, добыла и доставила в Главный морской штаб несколько небольших металлических трубочек. После их исследования оказалось, что это механические микровзрыватели особой конструкции. Их сфотографировали и по секретным каналам переслали снимки в штабы союзных флотов. В результате выяснилось: такая же «трубочка» была найдена спрятанной в матросской бескозырке, которую нашли в бомбовом погребе итальянского дредноута «Леонардо да Винчи», таинственно взорвавшегося (но всё-таки не затонувшего) в августе 1915 года. Пронести подобную же «штучку» на «Императрицу Марию» и подложить её в не запирающееся на замок отделение, где сложены заряды, было легко — это вполне мог сделать и «рабочий с завода», и какой-нибудь «портовый грузчик», затесавшийся в ряды матросов, трудящихся на погрузке угля в трюмы линкора.
Возможность злого умысла не подтверждал и адмирал А. В. Колчак, который уже спустя 15 минут после начала пожара прибыл на обречённый корабль. В своих показаниях после ареста Чрезвычайной следственной комиссией 24 января 1920 года Колчак заявил: «Насколько следствие (комиссия Морского министерства) могло выяснить, насколько это было ясно из всей обстановки, я считал, что злого умысла здесь не было.
Целый ряд подобных взрывов произошёл за границей во время войны — в Италии, Германии, Англии. Я приписывал это совершенно непредусмотренным процессам в массах новых порохов, которые заготовлялись во время войны… Другой причиной могла явиться какая-нибудь неосторожность, которой, впрочем, не предполагаю. Во всяком случае никаких данных, что это злой умысел, не было».
Иначе говоря, ни одна из выдвинутых комиссией версий не нашла достаточного фактического подтверждения.
Расследованием причин гибели «Императрицы Марии» также занимались тесно связанные в силу специфики своей деятельности и одновременно остро между собой конкурировавшие Севастопольское жандармское управление, возглавляемое полковником Редловым, и созданное по инициативе моряков в конце 1915 года при штабе командующего Черноморским флотом самостоятельное контрразведывательное отделение, начальником которого был прикомандированный к Севастопольскому жандармскому управлению ротмистр Автамонов. Вместе с возложенной на отделение задачей по борьбе с «иностранным соглядатайством» в его ведение перешла и специальная агентура, которая содержалась до этого Севастопольским жандармским управлением на средства, выделяемые командованием Черноморского флота.
Сразу же после гибели линкора жандармское управление в Севастополе развёртывает бурную деятельность — производятся обыски на квартирах и аресты 47-ми подозреваемых в причастности к взрыву лиц.
Через неделю после трагических событий Редлов, используя поступившие к нему от агентуры данные, в письме на имя начальника штаба командующего Черноморским флотом приводит возможные версии причин взрыва, не исключая при этом, что корабль был взорван шпионами. «В матросской среде, — пишет он, — определённо держится слух о том, что взрыв был произведён злоумышленниками с целью не только уничтожить корабль, но и убить командующего Черноморским флотом, который своими действиями за последнее время, а особенно тем, что разбросал мины у Босфора, окончательно прекратил разбойничьи набеги турецко-германских крейсеров на побережье Чёрного моря, кроме того, он своими энергичными действиями в этом направлении вызвал недовольство в командном составе, особенно у лиц с немецкими фамилиями, которые при бывшем командующем флотом (адмирале Эбергарде) абсолютно ничего не делали».