Иерархия епископов, или архиереев, после реформы стала более четкой: правящий архиерей епархии называется архиепископом, а помогающие ему так называемые викарные архиереи – просто епископами. Правящий архиерей митрополии, которых в Империи всего двадцать четыре и которые состоят обычно из 10—20 епархий, называется митрополитом, при котором кроме викарных епископов, есть один викарный архиепископ. Есть еще два экзарха, Сербский и Германский: первый является правящим архиереем митрополии (она в Сербском экзархате одна), а второй руководит тремя митрополиями, входящими в Германский экзархат, при том что и сам имеет сан митрополита (экзарх – это должность, а не сан). Глава Церкви называется Вселенским патриархом, при нем есть один викарный митрополит, он же по должности управляющий делами Патриархии, и викарные епископы и архиепископы. Крупными монастырями также руководят епископы – это пошло еще с середины 2000-х годов. Причем теперь не разрешено совмещение: патриарх не правит лично ни одной митрополией или епархией, митрополиты не правят лично ни одной из входящих в митрополию епархий и не возглавляют сами (как и остальные епископы) приходы, монастыри или духовные учебные заведения. Таким образом, в богослужении теперь, во время литургии, произносятся славословия не двух епископов, как ранее, а трех: «Предстоятеля нашего, Патриарха Русского и Вселенского имярек, и господина нашего, митрополита такого-то имярек, и властителя нашего, архиепископа такого-то имярек, да помянет Бог во Царствии Своем». Кроме епархиальных советов, теперь есть еще митропольные, куда входят по сану все епископы митрополии, а также благочинные архиереи.
С конца ХХ – начала XXI века в положении епископов в Церкви произошли значительные перемены. До того, при условии сохранения верности православию и Патриархату, во всем остальном они были практически бесконтрольны. Это выражалось в ряде вещей: значительное их число жило в роскоши, а нередко и в грехе, совершенно не по-монашески, и на это закрывали глаза; многие без стеснения неправедно обогащались на своих епархиях и скапливали немалые состояния, на это тоже закрывали глаза; весьма часто они совершенно не в духе братской любви и даже обычной справедливости, а, наоборот, в духе деспотизма и произвола обращались с подчиненными им священнослужителями; и тому подобное. Это относилось далеко не ко всем архипастырям, и даже, наверное, не к большинству – очень многие были достойным украшением Церкви, – но к немалому числу. Конечно, для Православной церкви любые модернистские проявления были неприемлемы, и потому ни о каких формах подотчетности епископа пастве речи идти не могло: епископ должен отвечать только перед Богом и патриархом – тогда будет хорошо и пастве. Но с другой стороны, хорошо известно и из светской, и из церковной истории, что неограниченное самовластие к нижестоящим непременно приводит к злоумышлениям против вышестоящих. Поэтому, окрепнув, правители всегда ограничивали своих князей (сатрапов, бояр и т. д.), а церковные предстоятели – иерархов: иначе не избежать беды. Тревожным звонком для Русской церкви должна была бы стать история владыки Филарета – но не стала. В 1992 году Архиерейский собор РПЦ отстранил этого предстоятеля Украинской церкви в составе РПЦ за недостойное поведение, наносящее ущерб Церкви, но было поздно – он ушел в раскол и принес этим Русской церкви и русскому государству большие бедствия. А ведь и раньше все знали, что он живет в роскоши с гражданской женой и детьми и относится к клиру как к холопам. Казалось бы, надо извлечь простой урок – что и архипастыри не все святые, тем более что у православных нет догмата о непогрешимости даже патриарха (в отличие от нас, католиков), так что внутренне принять это вроде бы не сложно; но не извлекли, списали все на специфику Украины. Но во второй половине 2000-х и первой половине 10-х годов еще трое правящих иерархов (два митрополита и один архиепископ) пытались уйти в раскол уже в самой России, правда неудачно; и все трое до этого отличались теми же грехами. На это уже надо было реагировать, хотя бы ради гарантии сохранения единства Церкви в будущем.