Отвечая на упреки Курбского, Иван IV утверждал, что государству грозит погибель из-за измены и «самовольства» бояр. Ссылаясь на священное писание и историю древних царств, Иван IV доказывал, что без крепкой самодержавной власти Российское царство (империя) тотчас распадется от беспорядков и междоусобных браней. Власть богоизбранного царя неограниченна, и он волен подвластных «жаловати и казнити». В сочинениях Грозного титул самодержец получил новое содержание. Иван IV отстаивал принцип неограниченной монархии. Послание царя Курбскому звучало как подлинный манифест самодержавия. Доказывая свою правоту, Грозный много раз ссылался на послание апостола Павла римлянам, цитируя его слова: «ибо нет власти, что не от бога». Курбский искал опоры в послании Иоакима и Иоанна. Его схема взаимоотношений между человеком, властью и Богом позволяла ему надеяться выиграть тяжбу с царем на Божьем суде. Грозный следовал другой схеме: царь поставлен Богом и только ему подсуден, подданные не могут тягаться с ним даже на Божьем суде.
Курбский во всеуслышание объявил, что в окружении царя уже появился Антихрист, подучивший царя лить боярскую кровь. Им был А. Д. Басманов, сын которого (по словам Курбского) стал интимным фаворитом Ивана IV. Возвышение Басмановых, вдохновителей начавшихся репрессий, вызвало возмущение не у одного Курбского. В Москве знатный дворянин Д. Овчина в ссоре упрекал младшего Басманова за разврат с государем. Оскорбленный Иван IV приказал убить Овчину. В послании Курбскому царь выражал уверенность, что, кроме сообщников беглого боярина (по заговору), нет на Руси людей, которые не были бы послушны своему государю. Но он вскоре убедился в своей ошибке. После беззаконной расправы с Овчиной новый митрополит и руководители думы заявили протест и настойчиво просили царя прекратить казни. Ивана IV более всего поразило то, что в демарше участвовали лояльные ему бояре и глава церкви Афанасий, который много лет был духовником монарха.
Раздор царя со знатью разрастался со дня на день и в конце концов вылился в кровавую опричнину.
Введению опричнины предшествовали драматические события. С наступлением зимы 1564 г. царь Иван стал готовиться к отъезду из Москвы. Он посещал столичные церкви и монастыри и усердно молился в них. К величайшему неудовольствию церковных властей он велел собрать и свезти в Кремль самые почитаемые иконы и прочую «святость». В воскресенье, 3 декабря, Грозный присутствовал на богослужении в кремлевском Успенском соборе. После окончания службы он трогательно простился с митрополитом, членами Боярской думы, дьяками, дворянами и столичными гостями. На площади перед Кремлем уже стояли вереницы нагруженных повозок под охраной нескольких сот вооруженных дворян. Царская семья покинула столицу, увозя с собой всю московскую «святость» и всю государственную казну. Церковные сокровища и казна стали своего рода залогом в руках Грозного.
Царский выезд был необычен. Ближние люди, сопровождавшие Грозного, получили приказ забрать с собой семьи. Оставшиеся в Москве бояре и духовенство находились в полном неведении о замыслах царя и «в недоумении и во унынии быша, такому государьскому великому необычному подъему, и путного его шествия не ведамо куды бяша».
Царский «поезд» скитался в окрестностях Москвы в течение нескольких недель, пока не достиг укрепленной Александровской слободы. Отсюда в начале января царь известил митрополита и думу о том, что «от великие жалости сердца» он оставил свое государство и решил поселиться там, где «его, государя, Бог наставит». Как можно предположить, в дни «скитаний» царь составил черновик своего завещания, в котором весьма откровенно объяснял причины отъезда из Москвы. А что по множеству беззаконий моих Божий гнев на меня распростерся, писал Иван, «изгнан есмь от бояр, самовольства их ради, от своего достояния и скитаюся по странам, а може Бог когда не оставит». Царское завещание заключало в себе пространное «исповедание», полное горьких признаний. Иван каялся во всевозможных грехах и заканчивал свое покаяние поразительными словами: «Аще и жив, но Богу скаредными своими делы паче мертвеца смраднейший и гнуснейший… сего ради всеми ненавидим есмь…». Царь говорил о себе то, чего не смели произнести вслух его подданные.
В письме к Боярской думе Иван IV четко объяснил причины своего отречения. Он покинул трон из-за раздора со знатью, боярами. В то время как члены думы и епископы сошлись на митрополичьем дворе и выслушали известие о царской на них опале, дьяки собрали на площади большую толпу и объявили ей об отречении Грозного. В прокламации к горожанам царь просил, чтобы «они себе никоторого сумнения не держали, гневу на них и опалы никоторые нет». Объявляя об опале на власть имущих, царь как бы апеллировал к народу в своем споре с боярами. Он, не стесняясь, говорил о притеснениях и обидах, причиненных народу изменниками-боярами.