Среди членов Боярской думы были противники Грозного, пользовавшиеся большим влиянием. Но из-за общего негодования на «изменников» никто из них не осмелился поднять голос. Толпа на дворцовой площади прибывала час от часу, а ее поведение становилось все более угрожающим. Допущенные в митрополичьи покои представители купцов и горожан заявили, что останутся верны старой присяге, будут просить у царя защиты «от рук сильных» и готовы сами «потребить» всех государевых изменников.
Под давлением обстоятельств Боярская дума не только не приняла отречение Грозного, но и вынуждена была обратиться к нему с верноподданническим ходатайством. Представители митрополита и бояре, не теряя времени, выехали в слободу. Царь допустил к себе духовных лиц и в переговорах с ними заявил, что его решение окончательно. Но потом он «уступил» слезным молениям близкого приятеля чудовского архимандрита Левкия и новгородского архиепископа Пимена. Затем в слободу допущены были руководители думы. Слобода производила впечатление военного лагеря. Бояр привели во дворец под сильной охраной как явных врагов. Вожди думы просили царя сложить с них гнев и править государством, как ему «годно».
В ответ Иван IV под предлогом якобы раскрытого им заговора потребовал от бояр предоставления ему неограниченной власти, на что они ответили согласием. На подготовку указа об опричнине ушло более месяца. В середине февраля царь вернулся в Москву и объявил думе и священному собору текст указа об опричнине.
В речи к думе Иван сказал, что для «охранения» своей жизни намерен «учинить» на своем государстве «опришнину» с двором, армией и территорией. Далее он заявил о передаче Московского государства (земщины) под управление Боярской думы и о присвоении себе неограниченных полномочий — права без совета с думой «опаляться» на «непослушных» бояр, права казнить их и отбирать в казну «животы» и «статки» опальных. При этом царь особенно настаивал на необходимости покончить со злоупотреблениями властей и прочими несправедливостями. В этом «тезисе» заключался, как это ни парадоксально, один из главнейших аргументов в пользу опричнины.
Члены думы связали себя обещаниями в дни династического кризиса. Теперь им оставалось лишь верноподданнически поблагодарить царя за заботу о государстве.
Распри с боярами завершились тем, что Иван IV взял несколько городов и уездов в личное владение и сформировал там охранный корпус — опричное войско, образовал отдельное правительство и стал управлять страной без совета с высшим государственным органом — Боярской думой, в которой заседала аристократия. Провинции, не попавшие в опричнину, получили название «земли» — «земщины». Они остались под управлением «земских» правителей — бояр.
Вскоре после издания указа об опричнине власти вызвали в Москву всех дворян из Вяземского, Можайского, Суздальского и нескольких мелких уездов. Опричная дума во главе с Басмановым придирчиво допрашивала каждого о его происхождении, о родословной жены и дружеских связях. В опричнину отбирали худородных дворян, не знавшихся с боярами. Аристократия взирала на «новодельных» опричных господ с презрением. Их называли не иначе как «нищими и косолапыми мужиками» и «скверными человеками». Сам царь, находившийся во власти аристократических предрассудков, горько сетовал на то, что вынужден приближать мужиков и холопов. Впавшему впоследствии в немилость опричнику Василию Грязнову он писал: «…по грехом моим учинилось, и нам того как утаити, что отца нашего князья и бояре нам учали изменяти, и мы и вас, страдников, приближали, хотячи от вас службы и правды». При зачислении в государев удел каждый опричник клятвенно обещал разоблачать опасные замыслы, грозившие царю, и не молчать обо всем дурном, что узнает. Опричникам запрещалось общаться с земщиной. Они носили черную одежду, сшитую из грубых тканей, привязывали к поясу некое подобие метлы. Этот их отличительный знак символизировал стремление «вымести» из страны измену.
Опричнина явилась первым в русской истории воплощением самодержавия как системы неограниченного царского правления. Однако суждения о ней затруднены из-за крайней скудости источников и гибели всех опричных архивов.
Одни историки видели в опричнине мудрую реформу, имевшую целью покончить с могуществом знати и упрочить объединение страны. В глазах других — это бессмысленная и кровавая затея, не оказавшая на политические порядки никакого влияния.
Длительные споры о смысле и предназначении опричнины могут быть разрешены лишь с помощью новых фактов.
В летописном отчете об учреждении опричнины перечислено всего несколько бояр, подвергшихся преследованиям и казням. При чтении летописи невольно возник вопрос, почему Иван IV не мог расправиться с кучкой не угодных ему лиц, не прибегая к дорогостоящей опричной затее, ибо организация опричных владений, особого опричного правительства и войска, размежевание земель потребовали огромных расходов.