В 1998 году Борис Гребенщиков набирает новый состав музыкантов и отправляется в тур «Новый электрический пес». Никак не называемая группа играет в составе: БГ, Борис Рубекин (клавишные), Олег Сакмаров, Олег «Шарр» Шавкунов, Александр Пономарев, Дмитрий Веселов, МС Кошкин.
9 июля 1999 года от инсульта умирает один из лучших барабанщиков Санкт-Петербурга, много работавший с «Аквариумом», музыкант Александр Кондрашкин.
В том же году группа принимает участие в благотворительном марафоне «Мир в наших руках» в помощь пострадавшим от взрывов домов на улице Гурьянова и Каширском шоссе в Москве.
И наступает время «Аквариума».
Наступает время нового альбома Группы с Названием.
Борис Гребенщиков говорил, что альбом «Пси» для него – как новый «Синий альбом». Как первая запись начинающей с нуля группы. Или – как пробуждение «Аквариума».
Альбом начали писать в студии на Пушкинской в составе: БГ, Борис Рубекин и Олег Сакмаров. Микшировать его решили в Лондоне – там к работе присоединился Титов, а следом за ним – Рэй Купер.
Никто не знал, куда повернет запись, это было сродни алхимии. В результате получился классический альбом «Аквариума», и группа получила очередное, новое воплощение.
29 июня 2000 года умирает Дюша, Андрей Романов, – флейтист «Аквариума», один из его ключевых участников, – умирает прямо на сцене во время собственного концерта в петербургском клубе «Спартак».
В феврале 2002 года появляется новый, этапный альбом «Аквариума» – «Сестра Хаос». Теперь «Аквариум» звучит не теряя своего фирменного стиля, абсолютно современно – и технологически, и идеологически. На первом этапе «Аквариум» занимался разбирательством с наследием «Золотого века рок-музыки», потом пошли поиски собственного звука, после «Русского альбома» он был найден, но упущено время – сейчас же сошлись и время, и возможности, и фирменное звучание «Аквариума».
Бесконечные возможности современных технологий, высочайшего уровня музыканты, трепетное отношение к живому звуку – несмотря на наличие и петель, и сэмплов, и звуковых библиотек Рубекина – получилась стопроцентно живая и стопроцентно современная музыка.
Страшная «500», по-аквариумовски выворачивающий душу «Брод», мантра тяжелого рока «Брат Никотин», танцевальные «Растаманы из глубинки», «Слишком много любви», «Кардиограмма», пасторальный «Северный цвет» – «Сестра Хаос» задала тон всему будущему десятилетию работы группы.
Это уже совершенно новый «Аквариум», не утративший того, что было в самом начале, – в отличие от огромного количества рок-долгожителей, которые имеют свойство меняться до неузнаваемости, превращаясь в группы, совершенно не похожие на самих себя.
17 мая 2003 года вышли «Песни рыбака» – один из красивейших альбомов «Аквариума». Красивых, даже прекрасных песен Борис написал во множестве, но здесь они очень мощно оформлены – пожалуй, впервые за всю историю «Аквариума». По сути, по подходу к аранжировкам, альбом кажется продолжением «Сестры Хаос», за исключением того, что в нем нет жесткости «500».
Альбом красив до оцепенения, «Туман над Ян Цзы» и «Желтая луна» – это совершенно гипнотические вещи.
«Феечка» – привет от «Аквариума» 70-х, но с подходом 2000-х – и по звуку, и по темпу; вообще, «Аквариум» стал (условно говоря) «быстрой группой» – даже в медленных балладах чувствуется пульсация, музыка очень современная, живая, она не застывает во времени в конкретной точке написания, а продолжает движение уже самостоятельно, вне зависимости от того, закончил ли автор сочинять и петь. Это музыка своего времени, и она движется вместе с ним.
Борис говорил, что «просто решил попробовать написать все песни на двух аккордах и посмотреть, что получится». Борис немного лукавил – кому, как не ему, знать, что сложность и богатство звучания песни не имеет прямой зависимости от количества аккордов в гармонии.
Иначе зачем было ехать в Индию и записывать там индийских музыкантов с их народными инструментами? «Песни рыбака» – один из самых красивых и насыщенных музыкой альбомов «Аквариума». В нем нет того, что можно назвать «Пустые места». Нет в принципе.
В 2003 году Марк Алмонд выпустил альбом с переведенными на английский язык русскими песнями и романсами «Heart on Snow». В альбом вошла песня «Аквариума» «Государыня» и романс Вертинского «Nuit de Noel», записанный дуэтом с Борисом Гребенщиковым.
31 октября Борис Гребенщиков отметил свое 50-летие двумя концертами – в БКЗ «Октябрьский» в Санкт-Петербурге и в Кремле.
Отдельно БГ поздравил другой БГ – Борис Грызлов, занимающий тогда пост министра внутренних дел России.
В концерте в Кремле принимали участие Андрей Макаревич, Вячеслав Бутусов, Олег Сакмаров, Александр Васильев, Максим Леонидов, а Борис спел в кремлевском зале среди прочего «Коммунисты мальчишку поймали» и песню Цоя «Мама-анархия».
На концерте в Санкт-Петербурге Борису был вручен орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени – орден вручила поднявшаяся на сцену Валентина Матвиенко, губернатор Санкт-Петербурга.