Генриетта Мария приписывала все последующие несчастья своей жизни «этой роковой книге» и злодейству Ришельё, которого она обвиняла в том, что он разжёг недовольство в Лондоне раздачей крупных сумм денег. Ей как раз пришло время родить седьмого ребёнка и в тот раз удача отвернулась от неё, несмотря на поддержку матери. После долгих мучений она родила дочь, которая умерла в течение получаса. Но прежде, чем «его драгоценность» полностью оправилась от родов, Карлу I пришлось отправиться на войну, чтобы усмирить мятежных шотландцев. Из-за чего королева затаила обиду на Шотландию, которая отняла у неё мужа в то время, когда она так сильно в нём нуждалась. Ведь прежде они не разлучались больше, чем на несколько дней. Генриетта Мария ещё не знала, что это расставание было первым из многих, и что каждое последующее отсутствие короля продлится на более длительный период.
В феврале 1638 года шотландцы открыто бросили вызов королевской власти, подписав Шотландский национальный пакт. Отныне церковь там стала пресвитерианской, управляемой исколючительно местными собраниями служителей и старейшин.
Только с помощью огромной армии можно было навязать шотландцам свою волю, а Карл I был беден. Генриетта Мария обратилась за финансовой помощью к английским католикам, но собрала слишком мало средств. В начале 1639 года на северо-востоке Шотландии произошла небольшая стычка между двумя сторонами, после которой Карл I поспешил вернуться в своей жене, преодолев за четыре дня двести шестьдесят миль.
В феврале, желая сократить расходы и избавить своего мужа от загостившейся тёщи, Генриетта Мария снова отправила Джермина во Францию, чтобы уговорить Людовика ХIII помириться с матерью. Кроме того, королева сама хотела посетить родину. Тем не менее, брат ответил отказом на обе её просьбы.
В июне английская и шотландская армии снова встретились близ Бервика, и прибывший туда Джермин готовился к своему первому сражению. Однако ещё до того, как прозвучали первые выстрелы, мужество оставило Карла I и он отправил гонца к графу Аргайлу, главнокомандующему шотландцев, сообщить, что те могут сохранить свою пресвитерианскую церковь. После заключения Бервикского перемирия обе армии отступили, а Джермин позже с болью вспоминал:
-Дела в Шотландии были улажены не так, как хотелось бы.
А Генриетта Мария, вдохновлённая идеей герцогини де Шеврёз о том, чтобы разделить жизнь воина, даже пожалела о том, что война закончилась так быстро.
Новости из-за границы тоже были плохие: Карл Людвиг, молодой принц Палатинский, потерпел поражение в безуспешной попытке вернуть Пфальц, наследие своего отца, а его брат Руперт попал в плен, причём сначала пришла ложная весть о том, что он погиб, «сражаясь очень жестоко и храбро, как лев» по словам «Газетт».
К началу 1640 года, когда Джермин заменил Джона Кокса на посту государственного секретаря Гарри Вейном, английские аристократы, наконец, признали его влияние. Все стали добиваться его благосклонности, начиная от графа Лестера, английского посла в Париже, и заканчивая лордом Гамильтоном, уполномоченным короля в Шотландии, который предоставил фавориту Генриетты Марии полную свободу распоряжаться всеми должностями, находившимися в его введении. Как писал одни современник, Джермин «привлёк её (королеву) всеми доступными ему способами к мольбам и скромному посредничеству его друзей». Однако в это время, когда его карьера близилась к своему пику, Генриетту Марии стали преследовать неприятности: принц Уэльский внезапно сломал руку и серьёзно заболел. Кроме того, Карл I вызвал в Лондон Томаса Уэнтуорта, лорда-протектора Ирландии, которого неофицильно назначил своим советником и даровал ему титул графа Страффорда.
-Его преданность была безгранична, а рвение неутомимо, - так характеризует Уэнтуорта писательница Ида Тейлор, - Он желал сначала служить королю, затем народу…
Генриетта Мария недолюбливала этого молчуна, так как видела в нём второго Бекингема. Высокий и коренастый, как Джермин, тот получил прозвище «Чёрный Том» за тёмный цвет волос, а также из-за своего жёсткого характера. В Ирландии он занимался тем, что искоренял пиратство, сурово наказывал английских чиновников за взятки и использовал коррумпированных присяжных, чтобы превратить весь «Зелёный остров» в собственность Короны. Когда же королева попросила его предоставить различные посты в Дублине своим фаворитам, он наотрез отказался это сделать.