После завершения российского, "коммерческого" периода жизни Г. Шлиман постепенно переключался на археологию. Для Генриха Шлимана становились узковаты те модели жизненного пути, которые предлагал столичный Петербург. В следующих актах цивилизационного, культурного и археологического события, каким была жизнь Г. Шлимана, Екатерине Шлиман (Лыжиной) места, в общем-то, почти не было. Возраст, состояние здоровья, привычки, воспитание, сложившаяся адаптация к российской петербургской среде, стремление заниматься воспитанием детей, определенный патриотизм - все эти и другие обстоятельства ориентировали ее на жизнь в России, в Петербурге. Письма ее, опубликованные в добросовестно подготовленной И.А. Богдановым, добротной книге "Не привози с собой Гомера...", свидетельствуют о хорошем образовании (она была выпускницей элитной по тем временам "Петришуле"), добротном литературном стиле, вообще, о понимании (в хорошем смысле) жизни.
Ее отношение к такому проявлению общей талантливости мужа, как пророческий дар, не отличалось от отношения к пророчествам со стороны большинства людей. "...Пророк не имеет чести в своем отечестве" (Ин 4:44).
Переключаясь на археологическую деятельность, Генрих Шлиман изменил место жительство, положение в научной среде (стал доктором философии), формат финансовых поступлений (вложил значительные средства в парижские доходные дома), стал гражданином США. Возник вопрос: как быть с семьей, с женой, с детьми?
И Екатерина, и дети были крещены в православной вере (Г. Шлиман был "евангелическо-лютеранского исповедания"), что в то время (вторая половина XIX века) давало ей (супруге) некоторые формальные преимущества, когда она высказывала несогласие с требованием мужа относительно выезда с детьми за границу России. Похоже, семейное законодательство России того времени стало для Г. Шлимана несколько неожиданным и весьма неприятным открытием.
Письма Г. Шлимана, написанные в этот период жене, оставляют впечатление очень эмоциональных документов. После их прочтения, даже при переключении на другие дела, у меня лично возникало впечатление, что я слышал громкий отчаянный крик (позднее в книге И.А. Богданова "Генрих Шлиман. Торжество мифа" по поводу этих писем я встретил фразу: "...читая их, будто слышишь голос человека, которому очень нелегко" [Богданов И.А., 2008 б. С. 32]).
Содержание писем говорит о том, что Г. Шлиман предчувствовал катастрофические последствия решения Екатерины остаться с детьми в России. В письме, отосланном 25 февраля 1867 года брату жены, Павлу Петровичу Лыжину (брат поддерживал стремление Екатерины продолжать жить в Петербурге), Генрих Шлиман использует такие сильные слова: "...Ты наведешь на бедных детей моих гибель и бедствие" [Шлиман Е., Письма. С.15].
Обращения Генриха Шлимана к Екатерине, к ее родственникам, знакомым не помогают решить проблему выезда семьи за границу.
В позиции Г. Шлимана наблюдается некоторая эволюция. 10 июля 1867 года он пишет Екатерине письмо, в котором появляется слово "похищать" ("... в стране, в которой ... покинутый муж должен похищать своих детей...") [Шлиман Е., Письма. С.19]. (Отметим, что в письме Екатерины мужу, написанном немного ранее, датированном 30 сентября 1866 года, есть слова: "...не входи в стачку со слугами, не пугай меня, уезжая с Сережей тайком, сговорившись с кучером и лакеем..." Речь в письме идет об отъезде Г. Шлимана в путешествие по Волге и о проводах его сыном Сергеем) [Шлиман Е., Письма. С. 203, 204]).
Позиция Г. Шлимана продолжала эволюционировать.
4 марта 1868 года Г. Шлиман отсылает Екатерине в Петербург письмо, в котором есть такие слова: "...оставайся в Петербурге с дочерьми...", "...мне отпустишь Сережу для воспитания его в Дрездене". Далее в этом письме говориться: "...ты [избрала?] для себя русский закон, против которого мои усилия [напрасны?]. Итак я уступаю с одним лишь моральным [правом?], возлагающим лишь на Тебя одну все могущие быть [дурные?] последствия от воспитания наших детей в России". В этом 12-ти страничном письме Г. Шлиман, в частности, пишет жене: "Во сне и наяву ... я беспрестанно вижу [Тебя?] и детей наших, и желание скорого свидания с [вами?] для меня неописуемо". В этом же письме есть и такая фраза: "Я Тебе и детям привез прекрасные вещицы из Гаваны и, между прочим, [4] больших жестяных коробочки с конфектами" [Шлиман Е., Письма. С. 23, 26, 28, 30].
Генриху Шлиману Судьба в 1854 году непосредственно перед мемельским пожаром дала знак: "Держись своих коммерческих партнеров!" Он следовал этому указанию и не прогадал.