В марте 1991 г. Молдавия бойкотировала референдум о сохранении СССР, но Приднестровье участвовало и проголосовало «за». А когда Советского Союза не стало, противостояние совсем обострилось. Молдавия стала независимой. Но и Приднестровская республика приняла декларацию независимости, причем сохранила на своей территории конституцию и законы СССР. Разделились даже органы милиции: одни подчинялись приднестровским властям в Тирасполе, другие — правительству в Кишиневе. Оно принялось формировать собственную полицию, армию, батальоны «волонтеров». Скрытную, но активную помощь оказала Румыния. В Приднестровье тоже стали создавать Республиканскую гвардию, рабочие дружины на предприятиях. Происходили стычки, драки.
В Молдавии располагалась советская 14-я гвардейская армия. В ходе «раздела» ее части и вооружение были переданы Кишиневу. Военнослужащим предлагалось определиться до осени — приносить присягу Молдавии или выехать в Россию. Но та часть армии, которая стояла в Приднестровье, получила другой статус — «воинских формирований СНГ», сохранила подчинение маршалу Шапошникову. А в ночь на 2 марта противостояние прорвалось. Начальника милиции Дубоссар Игоря Слипченко вызвали ночью телефонным звонком из молдавской полиции. Выехавшую машину по пути расстреляли, Слипченко погиб. В этот же день отряд молдавской полиции напал на советский военный городок, захватил в заложники жен и детей офицеров. Но помогли приднестровцы, выгнали нападавших. Провели операцию по разоружению отделений молдавской полиции. Из личного состава 135 человек перешли в приднестровскую милицию, 188 бежали, один отстреливался.
15 марта власти Молдавии предъявили ультиматум — распустить ополченцев Приднестровья и сложить оружие. В противном случае угрожали расправой с семьями ополченцев. Депутат кишиневского парламента поэтесса Леонида Лари взывала: «Пусть у меня будут руки по локоть в крови, но я вышвырну оккупантов, пришельцев и манкуртов за Днестр, я их выброшу из Транснистрии, и вы — румыны, настоящие хозяева этой многострадальной земли, получите их дома, их квартиры вместе с мебелью… Мы их заставим говорить по-румынски, уважать наш язык, нашу культуру». Приднестровье отказалось выполнить ультиматум. Тогда действительно начался террор. Были нападения с изнасилованиями и убийствами жен и дочерей ополченцев. С правого берега Днестра стреляли то артиллерия, то снайперы, в том числе и по мирным жителям, машинам.
В такой обстановке Ельцин объявил, что переводит части 14-й армии из подчинения СНГ под юрисдикцию Российской Федерации. Но при этом они получили приказ «сохранять нейтралитет». Однако на помощь Приднестровью поехали добровольцы со всей России, из других республик. Широко откликнулись казаки — донские, кубанские, терские, присылали свои отряды. А 19–20 июня молдаване предприняли наступление. Их бронированные колонны ворвались в город Бендеры. Участвовали части полиции, армии, батальоны «волонтеров» (участники конфликта сообщали, что под видом «волонтеров» в операции участвовал румынский спецназ). Вторжение сопровождалось зверствами, грабежами. В эту ночь как раз были выпускные вечера в школах — и многие девчонки стали жертвами насильников. Этих фактов Молдавия и западное сообщество «не заметили». Ссылались, что заявления пострадавших подавались в правоохранительные органы Приднестровской республики, а ее юридически «не существует».
Завязались тяжелые бои. Приднестровские ополченцы и казаки были гораздо хуже вооружены. А командующий 14-й армией генерал Неткачев и ряд чинов его штаба поступили вполне «по-перестроечному». Начали подыгрывать кому казалось выгоднее — молдавскому руководству. Но большинство офицеров возмутились, объявили Неткачева предателем и вышли из его подчинения. Присягу России они еще не приносили, и многие вместо этого предпочли принести присягу Приднестровской республике. Иногда переходили на ее сторону целыми частями. Открывали для нее склады оружия, выводили танки, БТР. Другие пользовались первыми подходящими предлогами, когда молдаване их обстреливали или нападали, после чего отвечали со всей силы. Врагов погнали за Днестр.