Меж тем герцог Веймарский Бернгард с восемнадцатью полками пехоты и ста сорока эскадронами кавалерии занял позицию на Дунае, чтобы прикрыть Франконию и наблюдать за движениями баварско-императорской армии по берегам этой реки. Едва Альтрингер обнажил эти пределы, чтобы присоединиться к итальянским войскам герцога Фериа, как Бернгард, воспользовавшись его уходом, поспешил перейти Дунай и с быстротой молнии появился под Регенсбургом. Обладание этим городом было решающим для успеха любых действий шведов в Баварии и Австрии. Оно давало им точку опоры на Дунае и верное убежище в случае неудачи. Оно же обеспечивало владение всем тем, что было завоёвано в этих краях. Удержать Регенсбург — таков был последний настоятельный совет, данный умирающим Тилли курфюрсту Баварскому, и Густав-Адольф считал непоправимой неудачей то, что баварцы ранее его заняли этот город. Велик был поэтому ужас Максимилиана, когда герцог Бернгард внезапно появился под Регенсбургом и начал деятельно готовиться к осаде города.
Всего пятнадцать рот, главным образом из новобранцев, составляли гарнизон города — число, более чем достаточное для того, чтобы утомить и самого сильного противника, если гарнизон пользуется поддержкой сочувствующих и воинственных горожан. Но население-то и было опаснейшим врагом баварского гарнизона. Протестантские жители Регенсбурга, равно дорожившие своей верой и своей имперской свободой, с недовольством переносили баварский гнёт и давно уже нетерпеливо ждали освободителя. Появление Беригарда под стенами города преисполнило их радости, и приходилось сильно опасаться, как бы они внутренним мятежом не поддержали действий осаждающих. В этом великом затруднении курфюрст баварский отправляет к императору и к герцогу Фридландскому слёзные послания, умоляя их помочь ему всего пятью тысячами человек. Семерых гонцов, одного за другим, отправляет Фердинанд к Валленштейну с приказанием исполнить эту просьбу; Валленштейн обещает немедленную помощь и действительно извещает курфюрста о предстоящем вскоре прибытии двенадцати тысяч человек под командой Галласа, но под страхом смертной казни воспрещает этому полководцу двинуться в путь. Тем временем баварский комендант Регенсбурга в расчёте на близкую выручку сделал все приготовления к обороне, вооружил католических крестьян, протестантских же граждан, наоборот, обезоружил и бдительно следил за ними, дабы они не могли предпринять ничего опасного для гарнизона. Но так как помощь не явилась, а неприятельские орудия с неустанной яростью бомбардировали укрепления, то он выговорил себе и гарнизону приемлемые условия капитуляции, а баварских чиновников и духовенство отдал на милость победителя.
С занятием Регенсбурга планы герцога Бернгарда расширяются, и даже Бавария становится слишком тесным поприщем для его отваги. Он хочет продвинуться к пределам Австрии, возмутить протестантских крестьян против императора и возвратить им прежнюю свободу совести. Он захватил уже Штраубинг, меж тем как другой шведский полководец овладел северным берегом Дуная. Несмотря на суровую погоду, он во главе своих шведов доходит до устья Изара и на глазах баварского генерала фон Верта, расположившегося здесь лагерем, переправляет через реку свои войска. Теперь трепещут Пассау и Линц, и объятый ужасом император вновь и вновь шлёт Валленштейну увещания и приказы спешить на выручку Баварии. Но вдруг победоносный Бернгард сам добровольно кладёт предел своим завоеваниям. Имея пред собой Инн, берега которого защищены рядом укреплённых замков, позади себя — две неприятельские армии, враждебную страну и Изар, где ни одно укрепление не прикрывает его с тыла, а подмёрзшая земля не позволяет окопаться, подвергаясь опасности столкнуться со всей армией Валленштейна, который, наконец, решился двинуться к Дунаю, Бернгард своевременным отступлением избегает риска быть отрезанным от Регенсбурга и окружённым врагами. Он поспешно переходит Изар и Дунай, чтобы защитить от Валленштейна свои завоевания в Верхнем Пфальце, и даже не пытается избежать сражения с этим полководцем. Но Валленштейн, у которого и в мыслях не было совершать на Дунае великие подвиги, не дожидается его и, даже не дав баварцам по-настоящему порадоваться своему появлению, опять исчезает в Чехии. Тогда Бернгард заканчивает свой славный поход и даёт своим войскам заслуженный отдых на зимних квартирах в неприятельской стране.