Но курфюрст Гебгард перешёл не в лютеранское, а в реформатское вероисповедание; это единственное обстоятельство стало для него роковым. Взаимное ожесточение двух протестантских церквей не позволяло евангелическим имперским чинам смотреть на курфюрста как на своего и оказывать ему, как таковому, действенную поддержку. Все, правда, ободряли его и обещали ему помощь, но лишь удельный принц из Пфальцского дома, пфальцграф Иоганн-Казимир, ревностный кальвинист, сдержал своё слово. Невзирая на императорский запрет, он поспешил со своим маленьким войском в Кёльнскую область, но не мог сделать ничего существенного, так как курфюрст, сам лишённый всего необходимого, оставил его без всякой подмоги. Тем быстрее укреплялся новоизбранный курфюрст, которому оказывали всяческое содействие как его баварские родственники, так и находившиеся в Нидерландах испанцы. Отряды Гебгарда, не получая жалованья от своего господина, сдавали неприятелю одно укрепление за другим; сам курфюрст продолжал отстаивать свои вестфальские владения, пока и здесь не вынужден был уступить превосходству сил. После многих тщетных попыток получить в Англии и Голландии помощь для своего восстановления он удалился в Страсбургское епископство, где и умер соборным деканом — первая жертва «церковной оговорки» или, вернее, разногласий между немецкими протестантами. За кёльнским столкновением вскоре последовало новое — в Страсбурге. Многие протестантские каноники из Кёльна, преданные папскому проклятию вместе с курфюрстом, бежали в это епископство, где у них также были бенефиции. Так как в Страсбурге католические каноники не решались позволить им, как отлученным, пользоваться этими бенефициями, то они овладели ими самовольно и насильственно, а могущество приверженцев протестантизма среди страсбургских граждан вскоре дало им преобладание в епископстве. Католические каноники переселились в Цаберн в Эльзасе, где под защитой своего епископа продолжали вести дела своего капитула, как единственно законного, в объявили священнослужителей, оставшихся в Страсбурге, самозванцами. Между тем последние, приняв в свою среду многих протестантских священнослужителей знатного происхождения, усилились до такой степени, что после смерти епископа отважились избрать епископом протестанта, принца Бранденбургского Иоганна-Георга. Католические каноники, отнюдь не склонные утвердить их выбор, избрали носителем этого высокого звания епископа Мецского, принца Лотарингского, который не замедлил возвестить о своём избрании враждебными действиями против Страсбургских земель.
Так как город Страсбург встал с оружием в руках на защиту протестантского капитула и принца Бранденбургского, а противная партия при помощи лотарингских войск старалась завладеть епископскими землями, то возникла продолжительная война, сопровождавшаяся, по обычаю тех времён, варварским опустошением. Напрасно старался император решить спор своим высоким авторитетом: епископские владения ещё долгое время оставались разделёнными между обеими партиями, покуда, наконец, протестантский принц за умеренное денежное вознаграждение не отказался от своих притязаний, и таким образом католическая церковь одержала ещё одну победу.
Ещё более серьёзным для всей протестантской Германии было событие, происшедшее в швабском имперском городе Донауверте, после того как был улажен спор, о котором сейчас шла речь. В этом католическом городе в правление Фердинанда и его сына протестантская религиозная партия получила законным путём такой перевес, что католические обыватели города должны были довольствоваться часовней в монастыре святого Креста и по причине раздражения, царившего среди протестантов, отказаться от многих своих богослужебных обрядов. Наконец, фанатический настоятель этого монастыря, осмелясь пренебречь гласом народа, вздумал устроить крёстный ход с поднятием креста и с развевающимися хоругвями. Однако его быстро заставили вернуть процессию в монастырь. Когда тот же самый настоятель, ободрённый благоприятным императорским указом, через год повторил крёстный ход, протестанты перешли к прямому насилию. Фанатически настроенная толпа заперла ворота перед возвращавшимися в город монахами, изорвала их хоругви и проводила их домой криками и бранью. Следствием погрома был вызов в императорский суд, и когда возбуждённые жители решились поднять руку на императорских комиссаров, когда все попытки мирно уладить распрю наткнулись на сопротивление разъярённого народа, город, наконец, был объявлен в имперской опале; исполнение приговора было возложено на герцога Максимилиана Баварского. Малодушие охватило столь задорных ранее граждан при приближении баварского войска: они сдались без сопротивления. Возмездием за их вину была полная отмена протестантского вероисповедания в Донауверте. Город потерял свои привилегии и из швабского имперского вольного города обратился в город, подчинённый Баварии.