Но примирение это никак не могло быть искренним. Оскорбление было слишком тяжко, чтобы его можно было простить, и в глубине души Рудольф продолжал питать неугасимую ненависть к Матвею. Он не мог отделаться от мучительной, раздражавшей его мысли, что в конце концов и чешский скипетр перейдёт в столь ненавистные ему руки, а надежда на то, что Матвей умрёт без наследников, была для него не слишком утешительной: тогда главой рода будет Фердинанд, эрцгерцог Грацский, который тоже был ему не по душе. Чтоб отрезать ему, как и Матвею, путь к чешскому престолу, Рудольф пришёл к мысли передать это наследство брату Фердинанда, эрцгерцогу Леопольду, епископу Пассаускому, своему любимому и наиболее преданному родственнику. Представления чехов о свободе избрания королей и их расположение к Леопольду как будто благоприятствовали этому замыслу, который был продиктован Рудольфу скорее пристрастностью и жаждой мести, нежели заботой о благе его рода. Но для того, чтобы привести этот план в исполнение, нужна была военная сила, которую Рудольф и сосредоточил в епкскопстве Пассауском. Никому не было известно назначение этого войска; но неожиданное вторжение солдат в Чехию, предпринятое без ведома императора из-за задержки жалованья, а также бесчинства, совершенные там солдатами, возмутили всё королевство, и оно восстало против императора. Напрасно уверял он чехов в своей непричастности — чины не верили ему; напрасно пытался он прекратить своевольные бесчинства своих солдат — они не слушались его. В предположении, что эти действия клонятся к отмене «грамоты величества», «защитники свободы» вооружили всю протестантскую Чехию и призвали в страну Матвея. После изгнания его пассауского войска император, лишённый всякой поддержки, оставался в Праге, где его содержали в его собственном замке как пленника, удалив от него всех его советников. Тем временем Матвей среди всеобщего ликования торжественно вступил в Прагу, где вскоре затем Рудольф, проявив чрезвычайное малодушие, признал его королём Чешским. Так жестоко наказала судьба этого императора: ему пришлось при жизни отдать врагу трон, который он не хотел предоставить ему после своей смерти. Чтобы довершить унижение, Рудольфа заставили собственноручно подписанным отречением освободить всех своих подданных в Чехии, Силезии и Лузации от всех их обязанностей по отношению к нему. И он это сделал, терпя жестокие душевные муки. Все покинули его, даже те, чьим благодетелем он себя считал. Подписав акт, он швырнул шляпу наземь и разгрыз перо, сослужившее ему столь позорную службу.
Теряя одно своё наследственное владение за другим, Рудольф не сумел соблюсти и высокое достоинство императорского сана. Каждая из религиозных партий, враждовавших в Германии, по-прежнему стремилась улучшить своё положение за счёт другой или защитить себя от её нападений. Чем слабее была рука, державшая скипетр государства, и чем свободнее чувствовали себя протестанты и католики, тем напряжённее следили они друг за другом, тем более возрастало их взаимное недоверие. Тот факт, что императором руководили иезуиты и он следовал советам, получаемым из Испании, был достаточной причиной для страха протестантов и достаточным основанием для их враждебного отношения к императору. Неразумный фанатизм иезуитов, своими сочинениями и проповедями сеявших сомнения в действительности религиозного мира, разжигал недоверие протестантов и заставлял их в каждом маловажном начинании католиков видеть опасные замыслы. Всё, что предпринималось в наследственных владениях императора для ограничения евангелического вероисповедания, привлекало внимание всей протестантской Германии, и та могучая поддержка, которую евангелические подданные Австрии нашли или надеялись найти у своих единоверцев в остальной Германии, была в значительной мере причиной их упорства и быстрого успеха Матвея. В империи были уверены, что продолжительность религиозного мира объясняется только стеснённым положением императора, вызванным смутой в его владениях: именно потому никто и не спешил вывести его из этих затруднений.