Королевство Чешское было для Австрии не более спокойным владением, чем Венгрия, с той только разницей, что в Венгрии в основе распри лежали причины более политического, а в Чехии — более религиозного свойства. В Чехии за сто лет до Лютера загорелось впервые пламя религиозной войны, в Чехии спустя сто лет после Лютера вспыхнул пожар Тридцатилетней войны. Секта, созданная Иоганном Гусом, всё ещё жила с тех пор в Чехии, согласная с римской церковью в обрядах и вероучении, за исключением только вопроса о причастии, которое гуситы принимали под обоими видами; это право предоставлено было на Базельском соборе последователям Гуса особым договором (чешские компактаты), и хотя папы впоследствии не признавали его, гуситы продолжали всё-таки пользоваться им под охраной законов. Так как употребление чаши было единственным важным отличительным признаком этой секты, то приверженцы её были известны под именем утраквистов (принимающих причастие под обоими видами), и они охотно носили это имя, напоминавшее им дорогое для них право. Но под этим именем скрывалась также гораздо более крайняя секта чешских и моравских братьев, которые расходились с господствующей церковью в гораздо более существенных пунктах и имели много общего с немецкими протестантами. У тех и других немецкие и швейцарские вероисповедные новшества быстро возымели успех, а название утраквистов, под которым они всё ещё умело скрывали свои изменённые догматы, спасало их от преследований.
Собственно говоря, с настоящими утраквистами у них не было ничего общего, кроме названия: по существу они были подлинными протестантами. В твёрдой надежде на поддержку своих могущественных единоверцев и на терпимость императора, они решились в правление Максимилиана открыто выступить со своими истинными воззрениями. По примеру немцев они изложили своё вероучение, в котором как лютеране, так и реформаты усматривали большое сходство со своими верованиями, и потребовали, чтобы это новое вероучение получило все привилегии прежней утраквистской церкви. Эта просьба встретила сопротивление со стороны их католических сограждан, и они вынуждены были удовлетвориться одним лишь устным обещанием императора.
Пока был жив Максимилиан, их вероучение пользовалось полной свободой и в новом своём виде; при его преемниках дело изменилось. Был издан императорский указ, которым отменялась свобода вероисповедания для так называемых чешских братьев. «Чешские братья» ни в чём не отличались от остальных утраквистов; стало быть, суровый эдикт должен был быть распространён на всех чешских единоверцев. Поэтому все выступили в ландтаге против императорского повеления, но не имели возможности бороться с ним. Император и католические чины опирались на компактаты и на чешское земское право, где, разумеется, не было никаких оговорок в пользу религии, за которую тогда ещё не высказался голос народа. Но как много изменилось с тех пор! То, что было тогда лишь незначительной сектой, стало теперь господствующей церковью; и, разумеется, желание держать новую религию под гнётом старых узаконений было не чем иным, как злостной придиркой. Чешские протестанты ссылались на устное обещание Максимилиана и на религиозную свободу немцев, ниже которых они ни в чём не хотели стоять. Всё было напрасно: они получили отказ.
Таково было положение в Чехии, когда Матвей, уже властелин Венгрии, Австрии и Моравии, появился у Колина, чтобы возмутить и чешских чинов против императора. Положение последнего стало до крайности критическим. Покинутый прочими своими наследственными провинциями, он возлагал последнюю надежду на чехов, которые, как можно было с уверенностью предвидеть, не преминули бы воспользоваться его трудным положением для удовлетворения своих давних требований. После многолетнего промежутка он вновь появился на сейме в Праге; для того чтобы показать народу, что он действительно ещё жив, пришлось настежь открыть ставни всех окон дворцовой галереи, по которой он шествовал: лучшее свидетельство того, как обстояли его дела. Случилось то, чего он опасался: чешские чины, почувствовав свою силу, ни на что не соглашались, пока им полностью не обеспечат их сословные привилегии и религиозную свободу. Напрасны были попытки увернуться путём старых уловок; судьба императора была в руках чинов, и он вынужден был подчиниться необходимости. Но они добились его согласия только на все прочие свои требования; религиозные дела он отложил до ближайшего сейма.