Теперь чехи взялись за оружие для защиты императора, и кровавая усобица должна была вспыхнуть между двумя братьями. Однако Рудольф, который ничего так не боялся, как этой рабской зависимости от своих чинов, поспешил, не дожидаясь войны, покончить миром с эрцгерцогом, своим братом. По акту формального отречения он отдал ему всё, чего всё равно не мог получить обратно, — Австрию и королевство Венгерское, — и признал его своим наследником на чешском престоле.
Выйдя столь дорогой ценой из величайших затруднений, император тотчас же запутался снова. Религиозные дела чехов были отложены до ближайшего сейма; этот сейм был созван в 1609 году. Они потребовали той же свободы совести, что и при прежнем императоре, собственной консистории, передачи протестантам Пражской академии и разрешения выбирать из своей среды дефензоров, или защитников свободы. Ответ оставался всё тот же, ибо католическая сторона сковывала решимость робкого императора. Сколько ни возобновляли чины свои требования, сопровождая их угрозами, Рудольф упорно держался своего прежнего решения — не давать ничего сверх установленного старыми договорами. Сейм разошёлся, не добившись ничего, и чины, возмущённые императором, решили самовольно устроить съезд в Праге, чтобы помочь себе собственными силами.
В Прагу их явилось великое множество. Совещания происходили вопреки запрету императора, чуть не на его глазах. Уступчивость, которую он начал обнаруживать, только показала чинам, как их боятся, и усилила их задор, но в основном вопросе он оставался непреклонен. Чины выполнили свои угрозы и приняли веское решение — самовластно установить повсюду свободу исполнения обрядов своей религии и отказывать императору в удовлетворении его финансовых требований, покуда он не утвердит этого постановления. Они пошли дальше и сами выбрали себе дефензоров, в которых им отказывал император. Было назначено по десяти человек от каждого из трёх сословий; было решено как можно скорее набрать войско, причём генерал-вахтмейстером был назначен граф фон Турн, глава всего движения. Столь серьёзный оборот дела заставил, наконец, императора согласиться — это рекомендовали ему теперь даже испанцы. Боясь, как бы доведённые до крайности чины не бросились в конце концов в объятия короля Венгерского, он подписал примечательную «грамоту величества» чехов; ссылками на эту грамоту они оправдывали восстание, поднятое ими при преемниках Рудольфа.
Чешское вероисповедание, изложенное чинами перед императором Максимилианом, получало по этому документу совершенно равные права с католической церковью. Утраквистам, как продолжали называть себя чешские протестанты, предоставляется Пражский университет и собственная консистория, совершенно независимая от архиепископа Пражского. За ними остаются все церкви, которыми они в момент издания этого акта владели в городах, деревнях и селениях; если у них возникнет необходимость в новых церквах, то сооружение таковых должно разрешаться рыцарям, дворянству и всем городам. Этот последний пункт грамоты величества был причиной злосчастного спора, охватившего пожаром всю Европу.
Грамота величества сделала протестантскую Чехию чем-то вроде республики. Чины познали свою силу, основанную на стойкости, согласии и единодушии. У императора осталась лишь тень его державной власти. В лице так называемых «защитников свободы» дух крамолы получил опасную поддержку. Удача Чехии была соблазнительным примером для остальных наследственных владений Австрии, и все они намеревались тем же путём добыть такие же привилегии. Дух свободы проносился из одной области в другую, а так как причиной удачи протестантов были главным образом раздоры между австрийскими принцами, то позаботились поскорее помирить императора с королём Венгерским.