Водворившись в Берлине, Наполеон прежде всего стал уничтожать последние остатки разбежавшейся во все стороны прусской армии. Оставался, собственно, ещё только отряд генерала Блюхера, наиболее энергичного из прусских военачальников. Блюхеру удалось собрать около 20 тысяч солдат и офицеров из разбежавшихся и разгромленных частей, и с ними он бежал к северу, преследуемый маршалами Бернадоттом, Сультом и Мюратом. Он вошёл в Любек. Дальше была датская граница, но Дания, панически боявшаяся Наполеона, категорически воспретила Блюхеру перейти границу. Да это и не спасло бы, потому что маршалы немедленно перешли бы границу вслед за ним. 7 ноября маршалы вошли в Любек и тут, на улицах города, напали на отряд Блюхера. Произошла отчаянная резня: около 6 тысяч пруссаков были изрублены французами или взяты в плен. Блюхер с 14 тысячами человек успел вырваться из города, но к вечеру на равнине за Любеком, настигнутый и окружённый маршалами, Блюхер сдался на капитуляцию со всеми 14 тысячами солдат, офицеров и генералов, какие у него ещё оставались, со всей артиллерией и запасами.
В это же время французы подошли к крепости Кюстрин на Одере. Они уже до такой степени привыкли теперь пользоваться полнейшей, совсем небывалой, невообразимой деморализацией, охватившей всю Пруссию после Иены, что к крепости Кюстрин подошли просто четыре роты пехотинцев без артиллерии, и командир этого ничтожного отряда потребовал (даже и для виду не приступая к осадным работам) капитуляции крепости. И крепость Кюстрин капитулировала по первому требованию с 4 тысячами прекрасно вооружённого гарнизона, с прекрасной артиллерией, с громадными складами провианта. Эта серия панических, неслыханных в военной истории сдач могучих крепостей без малейшей попытки сопротивления завершилась любопытнейшей историей с Магдебургом, историей, которой Наполеон не сразу поверил, когда ему впервые о ней доложили.
В Магдебурге, единственной ещё не сдавшейся и очень сильной первоклассной крепости, являвшейся вместе с тем большим и богатым торговым центром, с огромными складами боеприпасов и продовольствия, с громадной артиллерией, был расположен большой и очень хорошо вооружённый гарнизон в 22 тысячи человек под начальством генерала Клейста. Эти 22 тысячи человек и магдебургская крепость являлись после сдачи Блюхера последним пунктов, где ещё оставались вооружённые силы Пруссии. К Магдебургу подошёл маршал Ней. От поспешности и уверенности в успехе Ней не потрудился даже взять с собой осадную артиллерию, а захватил лишь три-четыре лёгкие мортиры. Он предложил Клейсту немедленно капитулировать. Клейст отказался. Тогда маршал Ней велел выстрелить из своих лёгких мортир. Выстрелы не причинили (и не могли причинить) городу ни малейшего вреда, но этого оказалось достаточным: генерал Клейст со всем своим гарнизоном сдался Нею 8 ноября на капитуляцию, и маршал, войдя в город, нашёл там огромные военные запасы и богатые склады разнообразных товаров. Клейст объяснял потом своё поведение тем, что, когда французы выстрелили из мортир, жители очень перепугались и просили его как начальника крепости, не теряя времени, сдать город. Уступая этому желанию, он и капитулировал.
Получив известие о Магдебурге, Наполеон, Франция и вся Европа поняли окончательно, что Пруссия кончена. Армия вся или истреблена, или в плену, крепости все, кроме Данцига, — в полном порядке и исправности, с громадными запасами — в руках французов, столица и почти все города — под начальством французских властей, всюду полная покорность населения.
Прусский король, королева Луиза, их дети и двор (очень небольшой) укрылись на окраине Прусской монархии, в г. Мемеле, после бедственных блужданий по другим местам. Все надежды короля Фридриха-Вильгельма на перемирие и мир были тщетны, — Наполеон ставил самые ужасающие условия. Во французских газетах Наполеон приказывал печатать статьи, в которых с жестокой иронией и ядовитой насмешкой говорилось о королеве Луизе; она называлась главной виновницей бедствий, постигших Пруссию.
Эти злобные выходки победителя не помешали Фридриху-Вильгельму III написать Наполеону почтительное письмо, в котором король выражал упование, что его величество император Наполеон доволен удобствами королевского дворца в Потсдаме и что всё там для него оказалось в исправности. Наполеон на это ничего не ответил.