Что сделалось с прусскими правящими верхами в эту роковую для них эпоху, в конце лета и ранней осенью 1806 г.? Как Фридрих-Вильгельм III, боявшийся выступить против страшного императора за год до того в союзе с Англией, Австрией и Россией, осмелился выступить теперь? Больше всего тут с его стороны было смелости отчаяния: убеждение, что никакой покорностью не спасёшься, что всё равно Наполеон нападёт. Но офицерство, генералитет, всё высшее дворянство были решительно в восторге и вслух похвалялись, что проучат корсиканского выскочку, убийцу герцога Энгиенского, предводителя санкюлотов. Кого, вопрошали, побеждал Наполеон до сих пор? Трусливых, разноплемённых австрийцев? Варваров — турок и египетских мамелюков? Слабых итальянцев? Русских, которые почти такие же варвары, как турки и мамелюки? Не разлетится ли его слава дымом, когда он столкнётся с войском, созданным ещё Фридрихом II?
Придворно-офицерская среда, военачальники, генералы, великосветское окружение, королева Луиза и её приспешники — все они дошли до крайней степени легкомыслия, фантазёрства и хвастовства. Они не желали считаться с тем, что Наполеон черпает свои ресурсы не только из Франции, но и из нескольких уже покорённых им больших и богатых стран; они были уверены, что, как только прусская армия молодецким ударом опрокинет Наполеона, роялисты восстанут в тылу и низвергнут его во имя Бурбонов. Старый главнокомандующий, герцог Брауншвейгский, тот самый, который в 1792 г. был вождём военной интервенции и помимо своей воли ускорил падение французской монархии своим нелепым угрожающим манифестом, — всегда питал ненависть старорежимного крепостника-реакционера к французам, дерзким революционным смутьянам. Но он страшился непобедимого Бонапарта и не очень поддерживал праздничное и победоносное настроение, царившее вокруг королевы Луизы и принца Людвига. Пасторы в церквах Берлина и в провинции, со своей стороны, без затруднения ручались за деятельную поддержку господа бога, с давних пор, как общеизвестно, вполне дружески относившегося к династии Гогенцоллернов. С горячим нетерпением ожидали первых известий с театра войны. Никто не знал, с чьей стороны последует переход границы…
Три колонны наполеоновской армии двигались через Франконский лес к реке Эльбе, в тыл прусской армии, чтобы отрезать её от её сообщений.
На другой день после вторжения Наполеона в Саксонию, бывшую в союзе с Пруссией, 9 октября, произошёл первый бой (при Шлейце). Авангард — Мюрат и маршал Бернадотт — приблизился к прусскому отряду и по приказу Наполеона атаковал его. Сражение было небольшое. Пруссаки были отброшены, потеряв около 700 человек (из них 300 убитыми). На следующий день, 10 октября, произошёл новый бой, на этот раз более серьёзный. Маршал Ланн подошёл к г. Заальфельду, где стоял принц Людвиг, глава придворной военной партии, с девятитысячным войском. Бой, завязавшийся немедленно, кончился снова победой французов. Пруссаки бежали после упорного сопротивления, потеряв убитыми и пленными около полутора тысяч человек. К концу боя сам принц Людвиг был заколот штыком. Беглецы из-под Заальфельда присоединились к главным силам прусской армии, стоявшим близ г. Иены под начальством князя Гогенлоэ. Другая часть главных сил, под начальством самого герцога Брауншвейгского, отходила севернее — к Наумбургу, но ей не суждено было туда дойти.
Когда в Берлин пришли одно за другим известия о боях при Шлейце и при Заальфельде и о смерти принца Людвига, все были потрясены. Даже странно было, что два первых, хотя бы и неудачных, но сравнительно незначительных, боя могли до такой степени круто изменить общественную атмосферу. Не только утихло непомерное самохвальство, но как-то слишком уж быстро сменилось растерянностью и страхом. Только королева Луиза не падала духом и восторгалась вместе с окружающими геройской смертью принца Людвига и убеждала в том, что ожидаемое генеральное сражение сразу всё исправит.
Наполеон предполагал, что главная масса прусской армии сосредоточивается в районе Веймара, чтобы продолжать отход к Берлину, и что генеральное сражение произойдёт у Веймара 15 октября. Он послал маршала Даву к Наумбургу и далее на тылы прусской армии, Бернадотт получил приказ присоединиться к Даву, но выполнить его не мог. Наполеон с маршалами Сультом, Неем, Мюратом двинулся на Иену. К вечеру 13 октября Наполеон въехал в г. Иену и, смотря с высот окружающих гор, увидел крупные силы, отходившие по дороге в Веймар. Князь Гогенлоэ знал, что французы вошли в Иену, но он понятия не имел, что и сам Наполеон с несколькими корпусами находится тут же. В ночь с 13-го на 14-е Гогенлоэ остановился по дороге и неожиданно для Наполеона решил принять бой.
Ещё перед рассветом Наполеон объехал ряды своей армии. Он говорил солдатам, что наступающее сражение отдаст всю Пруссию в руки французской армии, что император надеется на их обычную храбрость, и объяснил солдатам, как он это всегда делал, в самых общих чертах, главное содержание своего плана на предстоящий день.