16 сентября армия Кутузова, пройдя через Москву, двинулась дальше по Рязанскому тракту, и, переночевав в лагере при деревне Кулаковой, она незаметно для Наполеона на следующий день, сделав поворот направо, двинулась вверх вдоль реки Пахры и 19-го заняла позицию на левом её берегу при селе Красной Пахре на Старой Калужской дороге. Единственный путь сообщения Наполеона Смоленская дорога был перехвачен русской конницей.
Уже у Дорогомиловской заставы до Наполеона стали доходить странные слухи, шедшие из гвардии: из Москвы ушли почти все жители, она пуста, никакой депутации с ключами от города, которой ждал император, нет и не будет. Слухи подтвердились.
15 сентября Наполеон въехал в Кремль. И уже накануне поздно вечером вспыхнули первые пожары. Но ни размеров, ни значения того, что началось, ещё нельзя было предугадать даже приблизительно.
С утра 16 сентября пожары усилились. Днём они ещё не были так заметны. Но в ночь с 16-го на 17-е поднялся сильнейший ветер, который продолжался не ослабевая больше суток. Море пламени охватило центр близ Кремля, Замоскворечье, Солянку, огонь объял почти разом самые отдалённые друг от друга места.
Наполеон, когда ему доложили о первых пожарах, не обратил на них особенного внимания, но когда 17 сентября утром он обошёл Кремль и из окон дворца, куда бы ни посмотрел, видел бушующий огненный океан, то, по показаниям графа Сегюра, доктора Метивье и целого ряда других свидетелей, император побледнел и долго молча смотрел на пожар, а потом произнёс: «Какое страшное зрелище! Это они сами поджигают… Какая решимость! Какие люди! Это — скифы!» Между тем пожар стал не только грозить самому Кремлю, но часть Кремля (Троицкая башня) уже загорелась, из некоторых ворот уже нельзя было выйти, так как пламя относило ветром в их сторону. Маршалы настойчиво стали просить императора немедленно переехать в загородный Петровский дворец. Наполеон не сразу согласился, и это чуть не стоило ему жизни. Когда он со свитой наконец вышел из Кремля, искры падали уже на него и на окружающих, дышать было трудно: «Мы шли по огненной земле под огненным небом, между стен из огня», — говорит один из сопровождавших Наполеона.
Страшный пожар бушевал ещё и 17 и 18 сентября, но уже к вечеру стал ослабевать. Утих ветер, пошёл дождь. Пожары продолжались ещё и в следующие дни, но это было уже совсем не то, что гигантская огненная катастрофа 15–18 сентября, истребившая значительную часть города.
У Наполеона не было ни малейших сомнений относительно причин этой совершенно неожиданной катастрофы: русские сожгли город, чтобы он не достался завоевателю. И то, что Ростопчин увёз все пожарные трубы и приспособления для тушения огня, и одновременное возникновение пожаров в разных местах, и показания некоторых людей, схваченных по подозрению в поджогах, и свидетельства некоторых солдат, будто бы видевших поджигателей с факелами, — всё его в этом убеждало. Ростопчин впоследствии, как известно, то хвастал своим участием в пожаре Москвы, то отрицал это участие, то опять хвастал и кокетничал своим неистовым патриотизмом, то опять отрицал (даже в специальной брошюре). Нас тут, по характеру этой работы, интересуют, конечно, не объективные реальные причины пожара (о чём высказан был целый ряд суждений и догадок), а исключительно те последствия, которые пожар имел для умонастроения Наполеона и для развития дальнейших событий.
Наполеон, по единодушным отзывам, и в Петровском дворце и в Кремле, куда он вернулся, когда пожары стали стихать, переживал дни самой тяжёлой тревоги. Им овладевало иногда бешенство, и тогда солоно приходилось окружающим; иногда он долгими часами хранил мёртвое молчание. Энергия не покидала его. Из Москвы он продолжал управлять своей необъятной империей, подписывал декреты, указы, назначения, перемещения, награды, увольнения чиновников и сановников; в Москве, как и всегда, он старался во всё вникать, занимался и главным, и второстепенным, и третьестепенным. Как курьёзную иллюстрацию вспомним, что тот подробный статус, по которому до настоящего времени неизменно живёт и управляется главный французский государственный театр («Французская комедия») подписан Наполеоном в Москве и так до сих пор и называется «московским декретом».