Алексей Иннокентьевич понимал, что он, замещая долгими месяцами начальника Генштаба, а затем и заняв эту должность, находится в более выгодном положении, чем его предшественники. Самые страшные, тяжелые сцены войны были сыграны в ее первом акте. К моменту его прихода в Генштаб сложился определенный порядок круглосуточной деятельности, накопился значительный опыт работы в Ставке. Но, будучи педантичным, в хорошем смысле этого слова, Антонов, как, пожалуй, никто до него, внес немало нового в упорядочение работы Генштаба. Им были установлены точные сроки обработки информации, время докладов представителей разведки, тыла, фронтов, резервных формирований. Он четко распределил обязанности между своими заместителями А.А. Грызловым, Н.А. Ломовым, С.М. Штеменко. Чтобы придать необратимый характер организационному совершенствованию работы Генштаба и Ставки, Антонов изложил свои соображения на трех страницах и решил доложить Верховному. Там было определено время (трижды в сутки) докладов Верховному — чаще по телефону; итоговый доклад лично Сталину, порядок подготовки и утверждения директивных документов, взаимосвязь с различными органами управления и другие положения. Когда в конце одного из ночных итоговых докладов за сутки Антонов попросил Сталина рассмотреть и утвердить регламент работы Ставки и Генштаба, тот удивленно, молча посмотрел на генерала, затем внимательно прочел документ и также, не говоря ни слова, начертал: "Согласен.
Если до этого Сталин мог вызвать для доклада в любое удобное для него время, то теперь он и сам старался придерживаться установленного порядка. Антонов сумел добиться, что основные функции Генштаба: первая — работа на Верховного, передача ему необходимой информации для принятия решений, и вторая — подготовка указаний и оперативное руководство боевой деятельностью фронтов, тесно были увязаны с усилиями главных управлений Наркомата обороны67.
Пожалуй, Антонов, одаренный штабной работник крупного масштаба, оказал на Сталина не меньшее влияние, чем Шапошников, Жуков и Василевский. Дело в том, что высокая штабная культура, организованность, продуманность как главной идеи, так и мелочей, очень импонировали Сталину. Теперь рядом с ним работал человек, который по своему предназначению должен был все раскладывать "по полочкам" и делал это впечатляюще, а главное, эффективно.
Антонов достаточно быстро рос в воинском звании. Придя в 1942 году в Генштаб генерал-лейтенантом, в апреле 1943 года стал генерал-полковником и в том же году генералом армии. Но Маршалом Советского Союза Антонов так и не стал, несмотря на благожелательное отношение к нему Верховного. В дело вмешался Берия. У этого исчадия зла позиции в высшем военном руководстве были не слишком сильные. Берия очень хотел иметь своих людей среди военных в стратегическом эшелоне управления. Сегодня известно, что высший советский генералитет всегда относился к Берии с холодной настороженностью, сохраняя в душе глубокое недоверие к человеку в маленьких круглых очках. Хотя Берия постоянно искал способы привлечь на свою сторону крупных военных, к их чести следует сказать, что его попытки оказались бесплодными. Сам факт ареста, суда и ликвидации Берии в последующем именно военными красноречиво, в частности, говорит об их отношении к этому вурдалаку.
Берия был крайне одиозной фигурой. Его боялись. Но симпатий к нему питать никто не мог. Никто! Однако Берии была нужна опора в армии. Он видел быстрое старение "вождя", и уже в конце войны у него могли появиться далеко идущие честолюбивые планы, которые без поддержки армии в системе, где демократия лишь фикция, реализовать невозможно. Попытки Берии установить особые отношения с Антоновым ни к чему не привели. Генерал был сух и официален. Тогда, как это обычно делал Берия, он стал исподволь компрометировать Антонова. Несмотря на то что Сталин в глубине души, видимо, не очень верил нашептываниям Монстра, тем не менее он не стал присваивать Антонову, начальнику Генерального штаба Вооруженных Сил СССР, маршальское звание, хотя и планировал сделать это по случаю Победы. Более того, в 1946 году "вождь" вновь вернул Антонова на должность первого заместителя начальника Генштаба, а в 1948 году "опустил" еще ниже, назначив первым заместителем командующего Закавказским военным округом.