В ходе ознаменовавшего начало периода IIб восстановления города его площадь была увеличена за счет переноса южной части оборонительной стены примерно на 6–7 метров вперед. Сама стена – и в ее каменной нижней части, и в кирпичной верхней – почти ничем не отличается от своей предшественницы. Правда, здесь кладка нижней части выполнена более аккуратно и камни с внешней стороны уложены одинаковыми рядами. Похоже, что план внутреннего пространства крепости тоже в целом стал более упорядоченным: судя по всему, крепость была задумана прямоугольной, со стороной примерно 26-метровой длины; каждая сторона заканчивалась башней. С северной стороны, по бровке холма, определить стену оказалось невозможно; вероятно, она тоже была использована при последующем строительстве крепостной стены периода Ив. С юга и с запада к ней были пристроены двое ворот предыдущего периода, ими продолжали пользоваться, причем в западных воротах сбоку была сделана небольшая калитка. Боковая калитка находится в огромной башне, образующей крайний западный угол крепости.
Начало третьего периода Трои II было отмечено широкомасштабной перестройкой крепостной стены, в результате чего она приобрела весьма внушительный вид. С южной и, возможно, восточной стороны стены крепости были вновь вынесены вперед на расстояние от 5 до 10 метров, таким образом в очередной раз была увеличена площадь поселения.
Новая стена была сделана без особого мастерства и не отличалась аккуратностью кладки. Ее восточная часть была возведена прямо на почве. На сложенном из камня вертикальном цоколе высотой 1 метр была сооружена 4-метровая стена из необожженного кирпича. Отдельные участки этой стены 3-метровой высоты сохранились до наших дней. Башни, прямоугольные в сечении, шириной примерно 3 метра 80 сантиметров и высотой 2 метра 25 сантиметров, еще больше повышали ее обороноспособность. С северной стороны новая стена, судя по всему, была построена на месте стен Трои IIб и IIа и с использованием их остатков. Однако там есть участок длиной приблизительно 70 метров, где вообще не удалось обнаружить никаких признаков стены. Именно здесь в ходе первых экспедиций Шлиман открыл широкую «платформу». В каждом конце этой террасы видны остатки мощной стены Трои IIв, возведенной на руинах своих предшественниц. По окончании этого 70-метрового участка в южном и западном направлениях стена хорошо видна. Каменный цоколь восточной стены сделан неряшливо, кирпичная кладка и башни на нем отсутствуют. На данном участке, по мнению Дёрпфельда, стена строилась в два этапа: на первом этапе стена была достаточно тонкой, и с внутренней стороны ее поддерживали специальные опоры; на втором этапе ее толщину увеличили до 4 метров, и необходимость в опорах отпала. Дёрпфельд отнес оба этих этапа к периоду Трои IIв.
Огромная западная башня Трои IIб развалилась на части, постепенно на ее месте образовалась куча мусора. Поэтому южная и западная стены крепости были соединены не башней, а простым углом, который, правда, поднимался на большую высоту, чем башня. В одной из стен угла была сделана небольшая калитка. С южной стороны каменный цоколь стены сохранился хорошо; в тех местах, где это было возможно, его возвели на остатках предыдущих построек. Цоколь довольно низкий и с внешней стороны имеет лишь небольшой скос. Двое основных ворот предыдущих периодов – На и II6 – дошли до наших дней в плохом состоянии, сейчас они засыпаны землей и мусором. В Трое Ив их сменили двое более широких ворот. Каждые ворота были смещены примерно на 10 метров к востоку относительно места расположения предыдущих.
С равнины к юго-западным воротам поднимался монументальный пандус длиной более 21 метра и шириной 7,55 метра. По его бокам были возведены невысокие – вероятно, высотой по грудь – каменные стенки. Вымощенный крупными плитами известняка пандус относительно уровня равнины поднимался к воротам на 5 метров; перепад высоты на участке длиной 4 метра составлял 1 метр – это слишком крутой подъем для колесного транспорта. Собственно главный вход, к которому подходил пандус, состоял из трех частей: внутреннего и внешнего портиков и центрального зала. Боковые стены внутреннего портика заканчивались угловыми пилястрами, причем базы анта были сложены из камня, а сами анты были деревянными. По мнению Дёрпфельда, это отличительная черта архитектуры Трои IIв.
Юго-восточные ворота – уменьшенная копия юго-западных; отличие заключается лишь в том, что здесь не требовался пандус, так как в данном месте имеется естественный плавный спуск к равнине. У этих ворот также есть два портика – внутренний и внешний, а между ними – центральный зал, в который из портиков вели двери, время от времени закрывавшиеся. И на тех и на других воротах сохранились следы небольших ремонтов и переделок. Судя по всему, таких переделок было несколько; возможно, они были произведены в более поздние периоды Трои II.