Главным органом управления Красной Армии во время Гражданской войны, во главе которого стоял Л.Д. Троцкий, был Революционный военный совет Республики (РВСР), созданный решением ВЦИК от 2 сентября 1918 года. В его первоначальный состав вошли: Троцкий, Кобозев, Мехоношин, Раскольников, Смирнов, Данишевский, Вацетис. Из этих 7 человек лишь Троцкий был евреем, двое – латышами (Иоаким Иоакимович Вацетис и Карл-Юлий Христианович Данишевский), остальные четверо – русскими. Вскоре РВСР был расширен и состоял из 23 лиц. Среди новых членов было немало лиц еврейской национальности, большинство же составляли русские. Однако А. Дикий не пожелал включать в состав руководства вооруженных сил Советской России ни главнокомандующего Республики Сергея Сергеевича Каменева (однофамильца Льва Борисовича Каменева-Розенфельда), ни таких членов РВСР, как Смирнов Иван Никитович, Окулов Алексей Иванович, Подвойский Николай Ильич и других. Дикий предпочел составить свой перечень из таких фамилий, как «Геккер» («командующий Красной Армии в Ярославле»), «Шульман» (чрезвычайный комиссар Восточного фронта») и т. д. (О степени некомпетентности А. Дикого свидетельствует «назначение» им И.И. Вацетиса «командующим Западным фронтом против Чехо-Словакии». Видимо, Дикий считал, будто Советская Россия вела боевые действия где-то на западе против только что созданной Чехословацкой республики. На самом деле бои с чехословацким корпусом шли на востоке России.)
В то же время нет сомнения в том, что евреи играли заметную роль в руководстве Красной Армии. Вскоре после назначения Троцкого во главе РВС Республики, его первым заместителем стал Эфраим Склянский. Видные посты в руководстве Красной Армии заняли и ряд других лиц еврейской национальности (например, В.М. Альфатер стал командующим всеми Морскими силами Республики). Как свидетельствуют данные из книги А.Л. Абрамовича «В решающей войне», изданной в 1982 году в Тель-Авиве, в командном составе Красной Армии было немало лиц еврейской национальности. Составленный А.Л. Абрамовичем перечень евреев, занимавших высшие командные посты в военном аппарате страны, от членов Реввоенсовета Республики до командиров дивизий и бригад, включает около 400 фамилий. Среди руководителей РВС Республики, фронтов и командующих армиями А.Л. Абрамович упоминает Л.Д. Троцкого, Э.М. Склянского, А.П. Розенгольца, СИ. Гусева (Я.Д. Драбкина), М.М. Лашевича, Е.М. Пятницкого, И.С. Уншлихта, Д.И. Ваймана, JI.M. Глезарова, Л.Ф. Печерского, И.Е. Славина, М.Я. Лисовского, И.А. Зеленского, Г.С. Биткера, Бела Куна, Г.Я. Сокольникова, И.И. Ходоровского, B.C. Лазаревича, Н.С. Соркина, И.Э. Якира.
Одного из таких военачальников запечатлел Уткин в своей поэме о бывшем портном Мотэле Блохе:
Возможно, поэт был очевидцем того, как комиссары-евреи маршировали под знаменем с шестиконечной звездой Давида, таким образом демонстрируя свою принадлежность к еврейскому народу и древней религии своих отцов.
Подобные демонстрации могли вызывать раздражение не только среди рыночных торговцев, вчерашних друзей новоиспеченных комиссаров, но и среди родовых красноармейцев иных национальностей. Многие из них замечали, что в то время как среди военного начальства евреев было немало, их было гораздо меньше среди рядовых солдат (доля евреев среди родового состава составляла 1,9%, то есть значительно ниже не только их доли в командном составе и в 2 раза меньше по сравнению с долей евреев в населении страны – 4%).
В начале 1919 года, по словам Недавы, «Троцкому начало казаться, что диспропорция, в которой евреи представлены наверху, излишне бросается в глаза». Он направил Ленину конфиденциальное письмо, после чего на заседании политбюро 18 апреля 1919 года было заслушано «сообщение т. Троцкого о том, что латыши и евреи составляют огромный процент сотрудников ЧK b прифронтовых зонах, в исполкомах прифронтовых зон и тыла и в советских учреждениях центра». Троцкий указал, что «их процент на фронте относительно невысок, что среди красноармейцев ведется усиленная шовинистическая агитация на эту тему и что, по мнению т. Троцкого, важно произвести перемещение партийцев с целью достичь более равномерного распределения партийных работников всех национальностей между фронтом и тылом». Политбюро поручило Троцкому и председателю политотдела Реввоенсовета Смилге «подготовить и разослать от имени ЦК директивы комиссиям по распределению кадров между центральными и местными организациями и фронтом».