П. С. Купалов (он заведовал павловским отделом в Институте экспериментальной медицины) отклонил все сделанные в его адрес упреки и позволил себе усомниться:
Особенно драматичными были выступления Орбели. Несомненно наиболее талантливый и активный из учеников И. П. Павлова, заслуженно пользовавшийся огромным научным и моральным авторитетом, глубочайшим уважением за ум и доброту, Л. А. Орбели вдруг оказался в положении обвиняемого в провале развития павловского учения. Эта клевета не могла не задеть его человеческое достоинство, что и отразилось в его первом выступлении на четвертом заседании сессии. Он начал с претензии по поводу того, что заранее не был оповещен о предъявляемых ему обвинениях. Далее, возражая Быкову и Иванову-Смоленскому, он дал объяснение своей научной деятельности и признал некоторые организационные ошибки. Выступление Орбели было расценено как крайне неудовлетворительное многими выступавшими на последующих заседаниях, в том числе и некоторыми сотрудниками, работавшими под его руководством. И вот на десятом заседании последним вторично берет слово Орбели. Тон его стал совершенно иным:
Сперанский повинился в том, что мало ссылался на Павлова, признал свою вину за нечеткие формулировки и неудачные термины, упомянул Лысенко, но от общего направления своей работы не отступал и ни Орбели, ни Анохина не лягнул.
На последнем заседании Павловской сессии с заключительными словами выступили Быков, Иванов-Смоленский и президент АН СССР С. И. Вавилов. Сессия завершилась осуждениями разной сокрушительной силы провинившихся ученых и принятием обращения к товарищу И. В. Сталину, заканчивавшимся словами:
Сразу после этой «свободной дискуссии» последовали организационные выводы. Постановлением Президиумов АН СССР и АМН СССР Орбели был освобожден со всех занимаемых постов, Анохин снят с должности директора Института физиологии АМН СССР[6]
. На базе Института физиологии центральной нервной системы АМН СССР, Физиологического института им. И. П. Павлова АН СССР и Института эволюционной физиологии и патологии высшей нервной деятельности им. И. П. Павлова АМН СССР был создан единый Институт физиологии им. И. П. Павлова АН СССР, директором которого был назначен Быков. Иванов-Смоленский стал заместителем директора вновь созданного Института высшей нервной деятельности АН СССР. Были уволены многие научные сотрудники, работавшие под началом Орбели. Самый близкий его помощник, крупный ученый А. Г. Гинецинский должен был отправиться в Новосибирский медицинский институт. В соответствии с решениями сессии АН СССР и АМН СССР 1950 г. академик И. С. Бериташвили был отстранен от руководства Институтом физиологии АН Грузинской ССР и кафедрой физиологии Тбилисского университета и был вынужден прекратить исследовательскую работу. В Ростовском медицинском институте с заведования кафедрой физиологии был уволен крупный исследователь, действительный член АМН СССР Н. А. Рожанский.