После отъезда епископа Павла с грамотой и уверением, что король Юхан всенепременно согласится на требования царя и великого князя и добьёт челом за вины свои, Иоанн задерживается в Великом Новгороде на несколько дней. Он точно колеблется, размышляет, что ему теперь предпринять. Мысль перебраться на жительство в этот отдалённый северо-западный город, похоже, не оставляет его: для особного двора старинный центр торговли с Европой может стать превосходной столицей. Именно на Торговой стороне, отошедшей в опричнину, возводится его новый укреплённый дворец. Он даёт Великому Новгороду новый торговый устав. По новому уставу со всех товаров, ввозимых иноземными купцами, в его казну берётся всего семь денег с рубля, тогда как торговые люди других городов Московского царства на торгу Великого Новгорода платят четыре деньги с рубля, а сами новгородцы вносят всего полторы деньги с проданного мяса, рыбы, икры, мёду, соли, луку, орехов и яблок, кроме отдельного сбора с телег, саней и людей, то есть соответственно три с половиной, два и один процент с одного рубля, что очень мало похоже на грабёж торгового населения, ввоз драгоценных металлов, ещё не обнаруженных в таинственных недрах Московского царства, облагается наравне с остальными товарами, тогда как вывоз их объявляется преступлением, утайка же пошлины, столь незначительной, карается тяжёлыми пенями, причём товары царского двора облагаются теми же пошлинами, в тех же размерах, что и товары любого рядового купца. Однако, предоставляя льготы и послабления, он вовсе не собирается гладить по головке ослушников. Он всегда и везде стоит на страже закона, будь это право наследования государственной власти, обязанность верной службы за землю или внесение даней и пошлин в казну. Новый устав предусматривает: если торговый человек нарушает правила торга, его товар изымается в казну царя и великого князя. Всем, кто приезжает на торг, надлежит останавливаться в гостиных дворах и уплачивать за пожилое, также в казну. Ему, конечно, известно, что многие, лишь бы мошеннически уклониться от пожилого, жительствуют в частных домах посадских людей. За проделки этого рода товар также изымается в казну царя и великого князя, «по тому же, как и на Москве», а посадский теряет свой двор. Новгородское изменное дело лишний раз доказывает ему, что подьячие сплошь и рядом собирают дани и пошлины спустя рукава, а за мзду и вовсе забывают о данях и пошлинах, отчего в казне случается большой недочёт. От недобора даней и пошлин он находит простейшее средство: если сумма даней и пошлин уменьшается против прежних лет, с подьячих взыскивается вдвое, при этом подьячим предписывается «ни в которых пошлинах ничем не корыстоваться и поминков и посулов не имати ни у кого». Что все эти запреты «не корыстоваться» и «поминков и посулов не имати ни у кого» остаются гласом вопиющего в пустыне, ему тоже отлично известно, и он возвращает Великому Новгороду старинное право суда с помощью поля, тогда любой горожанин может обвинить в нарушении закона любого воеводу или подьячего и, предъявив доказательства, вызвать обвинённого на поединок, минуя царский суд и расправу, поскольку, как и младенцу известно на Русской земле, до Бога высоко, а до царя далеко, и эту жестокую меру граждане Великого Новгорода принимают с благодарностью и одобрением, поскольку в праве поля видят единственную управу на безбожных «волков». Наместником же он не без коварства оставляет князя Ивана Мстиславского, а воеводой при нём князя Пронского, предпочитая держать их подальше от соблазна южных украйн. Заодно он дарит новгородским соборным старостам и попам так называемые милостинные деньги, которые прежде поступали в казну.