Какая же из трех озвученных Шуйским версий была правдой? Все они были провозглашены князем Василием Ивановичем в обстоятельствах, заставляющих сомневаться в его искренности. В 1591 г. он сказал то, что от него желал услышать всесильный правитель Борис Годунов. В 1605 г. жителям Москвы, с восторгом ждавшим воцарения младшего сына Ивана Грозного, Шуйский пролил бальзам на душу заявлением о «чудесном спасении» царевича. В 1606 г., придя к власти, он своим заявлением категорически провозгласил своего предшественника самозванцем, а заодно бросил тень на Бориса Годунова, объявленного убийцей настоящего царевича. И лишь однажды, вскоре после вступления Лжедмитрия I в Москву, с уст Василия Шуйского слетели слова, которые, надо полагать, были искренними, поскольку сказаны были не на публику: «Черт это, а не настоящий царевич; вы сами знаете, что настоящего царевича Борис Годунов приказал убить!» Не исключено, правда, что подобного рода несдержанность Василий Шуйский продемонстрировал и ранее. Во всяком случае, по возвращении из Углича он на несколько месяцев пропадает из поля зрения исследователей. Мы не видим его среди воевод, назначенных командовать полками при отражении крымского нашествия (хотя его товарищи по следственной комиссии Андрей Клешнин и Елизарий Вылузгин в это время числятся вместе с Борисом Годуновым в составе Большого полка, действовавшего против Гази-Гирея). Не упоминается Василий Шуйский и среди участников разного рода дворцовых церемоний. И лишь 21 ноября 1591 г., «во Введеньев день», мы видим его в числе тех, кто был у государева стола, т. е. присутствовал на царском праздничном пиру.
О причинах временного исчезновения Василия Шуйского из числа участников придворных церемоний можно только гадать. Что же касается вердикта следственной комиссии, то он вполне удовлетворил правительство Бориса Годунова. Царевича признали жертвой пусть и неумышленного, но все же самоубийства. Жителей Углича, убивших ни в чем не виновного дьяка Михаила Битяговского, обвинили в бунте: активных участников беспорядков казнили, 60 семей угличан отправили в Западную Сибирь, населив ими только что построенный Пелымский острог. На Нагих, подбивших население города на мятеж, возложили государеву опалу: их также разослали в ссылку по дальним городам. Наказан был и колокол Спасского собора, поднявший народ на бунт: в наказание за это его сбросили с колокольни, отрубили ему «ухо» и «язык», публично высекли кнутом (колокол получил 12 ударов), а затем отправили в ссылку в Сибирь (ссыльные угличане несли его на себе). Спасский колокол доставили в новую столицу Сибири – Тобольск, где по приказу местного воеводы на нем сделали надпись: «Первоссыльный неодушевленный с Углича». И лишь через 300 лет колокол вернули обратно в Углич.