Местничающих бояр по распоряжению вдовствующей царицы Александры Фёдоровны пытался рассудить Патриарх Иов, от имени которого в Смоленск и Псков посылали грамоты. Это косвенно указывает на то, что и после отказа от власти законной обладательницей верховной власти оставалась Александра Фёдоровна Годунова, а главой «временного правительства» считался Патриарх Иов. Борис Годунов пока предпочитал оставаться в тени. Впрочем, в вопросе о верховном носителе власти в январе – феврале 1598 г. царила полная неразбериха. В частности, 20 января, через пять дней после пострижения царицы Ирины Годуновой, ввозная грамота на поместье в Рязанском уезде была выдана помещику от имени умершего двумя неделями ранее царя Фёдора Ивановича.
После пострижения царицы Ирины на повестку дня был поставлен вопрос об избрании нового монарха. Дело такого уровня важности следовало решать Земским собором. По официальной версии, неоднократно растиражированной впоследствии правительством Годунова, именно Земский собор и избрал на престол Бориса Фёдоровича. Среди исследователей российской истории рубежа XVI–XVII вв. велись серьезные споры о том, была ли борьба на соборе честной, не препятствовал ли правитель государства прибытию на собор своих политических противников. Между тем совершенно упускается из виду то обстоятельство, что на организацию правильного собора со всенародным представительством просто не было времени. Между пострижением царицы Ирины (15 января) и «соборным избранием» Бориса Годунова (17 февраля) лежит промежуток времени всего в один месяц. За который предстояло оповестить провинцию о необходимости прислать выборных в Москву «для царского обиранья» и дождаться прибытия этих «выборных людей» в столицу. Не говоря уже о том, что какое-то время требовалось на то, чтобы этих людей выбрали на местах и снарядили в дорогу. До Новгорода Великого, например, в те времена гонец добирался из Москвы за неделю. В более отдаленные города, например в Казань или Архангельск, грамоты доставлялись приблизительно за две недели. Соответственно выборные от отдаленных городов при всем желании не могли успеть приехать в Москву к середине февраля, когда состоялось «всенародное избрание» Бориса Годунова на престол.
Впрочем, собирать Земский собор таким образом и не стали. Французский наемник капитан Жак Маржерет, служивший в России в начале XVII в., рассказал о воцарении Бориса Фёдоровича следующее. Годунов сам настаивал на организации Земского собора для избрания царя: «Он хотел созвать Штаты страны (здесь француз Маржерет использует для обозначения Земского собора его французский аналог – Генеральные штаты. –
Интересно, что в первые месяцы после провозглашения Годунова царем даже официальная пропаганда воздерживалась от утверждений о всенародном избрании Бориса Фёдоровича Земским собором. В грамоте, отправленной в Кострому 15 марта 1598 г., менее чем через месяц после воцарения Бориса Годунова, последовательность событий изложена следующим образом. После смерти царя Фёдора высшее духовенство и Боярская дума обратились к вдовствующей царице Ирине с просьбой принять власть над страной. Обращались к царице при этом не все представители церковной и светской власти, а лишь те, «которые в то время в царствующем граде Москве прилучились». Вместе с ними царицу молили править страной люди, объединенные расплывчатой формулировкой «всенародное множество всего Российского царства». Встретив отказ царицы, эти люди стали просить ее благословить царским венцом брата, а затем обращались с просьбой о принятии скипетра к самому Борису.