Причиной тому стало заметное ухудшение здоровья царя. Слухи о болезни Бориса Фёдоровича ходили среди москвичей еще до его венчания на царство. К концу 1599 г. состояние здоровья государя оказалось настолько неважным, что ему пришлось отменить традиционный выезд на богомолье в Троице-Сергиев монастырь. В 1600 г., по свидетельству Конрада Буссова, Борис Годунов выписал из Германии несколько врачей – «все со степенью доктора и очень ученые люди», которым царь оказывал уважение «такое же, что и знатнейшим князьям и боярам». В 1601 г. у приехавшего в Москву английского посла Ричарда Ли Борис Годунов «выпросил» его личного доктора, Христофора Рейтлингера. Посол был старым человеком, у него, по свидетельствам современников, были больные ноги, что, вероятно, указывает на заболевание подагрой или водянкой. Надо полагать, что от одной из этих болезней страдал и Борис Фёдорович. О подагре Бориса Фёдоровича упоминал в своих записках живший в Москве немецкий пастор Мартин Бэр. Частое обращение государя к услугам медиков не могло ускользнуть от внимания его подданных, которые относились к царской ипохондрии с явным неодобрением. Французский наемник Жак Маржерет, служивший в Кремле при Борисе Годунове, уверял, что русские люди, за исключением царя и самых близких к нему вельмож, даже не знали, что такое врач: «Они… считают нечистым многое из того, что используется в медицине, среди прочего неохотно принимают пилюли; что касается промывательных средств, то они их ненавидят». Русский современник Бориса Годунова князь Иван Катырев склонность царя к лечению считал едва ли не главным его грехом, ставя его даже выше властолюбия: «Одно лишь имел неисправление и от Бога отлучение: к врачам сердечное прилежание и к властолюбию ненасытное желание». Байки о постоянной тревоге царя за свое здоровье продолжали ходить даже после его смерти. Рассказывали, как однажды, измученный подагрой, Борис Годунов пообещал осыпать милостями того, кто сумеет облегчить его страдание. Жена одного из бояр, желая за что-то отомстить мужу, донесла, что ее супруг знает средство, способное избавить царя от боли, но не желает помочь венценосцу. Боярин был высечен и брошен в темницу, несмотря на клятвы в полной некомпетентности в лекарском деле. Спастись ему удалось лишь случайно – он приказал привезти целую телегу разнообразных трав, из которых Борису Годунову сделали ванну. К счастью, боль отступила, и боярин получил свободу и награду, правда, предварительно будучи вторично высечен за упорное нежелание помочь больному государю.
Итак, на российском престоле сидел еще не старый, но очень больной человек. И к тому же человек чрезвычайно мнительный. В текст присяги, которую приносили Борису Годунову после его вступления на престол, было включено обязательство «царя, царицу и детей их на следу никаким ведовским мечтанием не испортить, ведовством по ветру никакого лиха не посылать, людей своих с ведовством, со всяким лихим зельем и кореньем не посылать, ведунов и ведуней не добывать на государское лихо». Резкое ухудшение своего здоровья Борис Фёдорович связал с колдовскими кознями своих тайных недоброжелателей; царь с охотой слушал любые доносы, поступавшие на людей из его ближайшего круга.
Доносительство стало поощряться, и притом поощряться публично. Начало этой практике было положено в первый же год после венчания Бориса Годунова на царство. В 1598/99 г. холоп князя Фёдора Дмитриевича Шестунова подал донос на своего господина (в чем именно он обвинил господина, источники умалчивают). Доносчик был награжден. Царское милостивое слово было объявлено ему на площади перед Челобитным приказом при большом стечении народа: холоп получил свободу; более того, ему пожаловали поместье. Этот пример оказался слишком заманчив для многих: доносы стали поступать в Кремль с пугающей частотой. Очевидец этих событий писал, что «от тех наветов в царстве была великая смута, друг на друга люди доносили, и попы, и чернецы, и пономари, и просвирницы… и жены на мужей доносили, а дети на отцов, и от такого ужаса мужья от жен своих таились. Ни при каком государе таких бед никто не видел». И через несколько десятилетий после смерти Бориса Годунова память о развернувшейся при нем волне репрессий не умерла: на имя царя Михаила Фёдоровича долго еще поступали челобитные, в которых рассказывалось о мучениях, которые приходилось терпеть людям при Борисе Фёдоровиче: «Отец мой… и дядя мой… да братья мои… от царя Бориса были в опале сосланы в Сибирь, мучили живот свой семь лет… многую кровь проливали, на пытках были розорваны, брата… на пытке и замучили до смерти»; «терпел… от царя Бориса восмь лет, сидел в чепи и в железех в земляной темнице»; «отца, государь, моего… царь Борис велел убить неповинно».