Патриарх пытался возражать: «Мне во Владимире быть невозможно, занеже патриарх при государе всегда. А то что за патриаршество, если жить не при государе? Тому статься никак невозможно». Борис Федорович, не единожды посетивший его на подворье, был непреклонен. Иеремия прямо сказал, что хотел бы сесть на место Иова, даровав за то Московской кафедре свой патриарший сан. Самого же Иова рекомендовал «устроить в другом городе», что звучало уже несколько нагло. Федор Иванович в недоумении жаловался боярам: «И мы помыслили, что то дело нестаточное: как нам… мужа достохвального жития, святого и преподобного отца нашего и богомольца Иова изгнать?» Соответственно, представители русского правительства и ответили патриарху столь же прямо: мы считаем правильным и необходимым возвести в патриарший сан Иова; а после того, как первый из русских патриархов будет поставлен от греков, следующие будут ставиться от собора русских архиереев.
Иеремия заколебался было, увидев твердость позиции русского правительства. Но его к дальнейшим спорам возбуждал тот же митрополит Иерофей Монемвасийский, а также некоторые другие духовные лица из патриаршей свиты. Иерофей поносил обещанный русской стороной Владимир, считая его сущей глушью. Он же, надо полагать, или кто-то еще из ученых греков, подсказал патриарху новый контраргумент: для поставления нового патриарха у него, дескать, не хватает полномочий. Москва упорствовала. Иеремия уже готов был уступить свое благословение собору русских архиереев, дабы те учредили в Москве патриаршую кафедру самостоятельно, лишь по его позволению, а самого бы отпустили домой. Но и такое предложение российские правительственные мужи, а в первую очередь Б.Ф. Годунов, не сочли удовлетворительным. Вероятно, опасались лукавства: вот уедет патриарх с казенным серебром в Константинополь, а потом встанет вопрос о каноничности действий нашего собора, и ссылка на одно лишь благословение Иеремии окажется слишком слабым, слишком ненадежным ответом.
В январе 1589 года патриарх Константинопольский, наконец, дал себя уговорить. Он согласился поставить Иова.
До сих пор ход всего дела с русской стороны зависел от действий царя, Бориса Годунова, а также, в некоторых случаях, дьяка Андрея Щелкалова. Они направляли всю работу дипломатического аппарата, приставленного к гостям. Церковь наша, возглавленная смиренным Иовом, ждала в тишине и бездействии окончательного итога переговоров. Если бы не упорство и энергия Бориса Федоровича, если бы не благочестие государя Федора Ивановича, вряд ли Москва получила бы своего патриарха. Наверное, это и к лучшему: Русская церковь не стояла назойливым просителем у дверей патриарха Константинопольского, а сам он не потерял лица, поскольку мог, не ведя торгов с русским духовенством, даровать ему высоту патриаршего сана. Даровать — хотя бы по внешней видимости.
Незадолго до «последнего акта» по воле государя должен был сойтись для «советования» большой церковный собор. Он состоял из десяти русских архиереев во главе с Иовом, а также представителей честнейших монастырей.
Итак, Церковь сказала свое слово.
Теперь оставалось довершить великое дело.
У греков попросили чин патриаршего поставления. Те скоро дали просимое, однако Федор Иванович остался недоволен. Он велел переработать греческий чин, добавив туда фрагменты, взятые из русского митрополичьего церемониала. В этом эпизоде нет ни тени годуновского влияния, тут виден интерес самого царя и только его. Федор Иванович, любитель богослужебного благолепия, колокольного звона, церковного быта, желал для такого случая особой торжественности. Греки дать ее не могли. Тогда царь, в иных делах равнодушно отдающий своим слугам право распоряжаться, проявил волю.