О том, каким образом погиб царевич, на западе тоже ходили разные, противоречившие один другому толки. Событие это заключало в себе много таинственнаго представлявшаго широкий простор воображению публики. В современных газетах встречались о процессе и кончине Алексея кое-какия отрывочныя замечания; манифесты царя, относившияся к делу Алексея, перепечатывались несколько раз на разных языках в виде брошюр. Уже около половины XVIII века начали являться более или менее полные разсказы о судьбе злосчастнаго царевича. Так напр. на английском языке в переводе с французскаго подлинника, как кажется, не появившагося в печати, был издан сборник разных уголовных случаев, где рядом с французским заговорщиком Сен-Марсом (Сinq-Маrs) и знаменитым испанским инфантом Дон-Карлосом, стоит и царевич Алексей. В этом сочинении смерть последняго объясняется следующим образом. Бумага, на которой был написан смертный приговор царевича, была пропитана ядом. Пётр, желая покончить с сыном до формальной казни, заставил несчастнаго взять в руки эту грамоту и прочитать в слух содержание ея, при чём яд так сильно подействовал на Алексея, что он немедленно умер.
Наконец издатель дипломатических актов XVIII столетия Ламберти пишет, что, по словам одного знатнаго Русскаго, сам Царь отрубил царевичу голову, и когда тело было торжественно поставлено в церкви, голова так искусно была прилажена, что нельзя было узнать об отсечении ея от трупа.
Все приведённые сейчас известия о смерти Алексея более или мене недостоверны. Настоящий свет на эту трагическую кончину проливает «Записная книга С.-Петербургской гварнизонной канцелярии».
Из Записной книги С-Петербургской гварнизонной канцелярии: «26 июня по-полуночи в 8 часу начали сбираться в гварнизон его величество, свтлейший князь, князь Яков Федорович, Гаврило Иванович, Фёдор Матвеевич, Иван Алексеевич, Тихон Никитич, Пётр Андреевич, Пётр Шафиров, генерал Бутурлин; и учинён был застенок, и потом, быв в гварнизоне до 11 часа, разъехались. Того ж числа пополудни в 6 часу, будучи под караулом в Трубецком роскате в гварнизоне, царевич Алексей Петрович преставился».
Из книг «Гварнизона», то-есть Петропавловской крепости, видно, что в день смерти царевича, утром, Пётр с девятью сановниками, ездил в крепость и там «учинён был застенок», т.-е. производилась пытка, но над кем – о том не говорится.
В полном согласии с сим известием находятся «Подённые записки делам князя Меньшикова», которые говорят о том, как этот день провел светлейший, однако без упоминания о застенке.
В 26 день (июня), то есть в четверток, его светлость в 6-м часу пополуночи встав и убрався, довольно дел отправлять изволил, к тому прибыли виц-губернатор Клокочов, полковник и камендант санктпитербурхский Бахмеотов и другие господа офицеры. И по розговорех его светлость отъехал в крепость, где и его царское величество быть изволил, потом были у царевича Алексея Петровича, которой весьма болен, и быв с полчаса, по розговорех розъехались. Его светлость, прибыв в дом свой, изволил кушать з домашними. После кушанья по отправлении дел был всё в покоях. В 5-м часу пополудни вышел в переднюю полату, где были полковник Лутковской и другие, с которыми розговаривая с час, отъехал ко всеночной к Троице в церковь, где и его царское величество и господа министры и сенаторы были. По отпуске оной розъехались. Его светлость, прибыв в дом свой, лёг опочивать.
День был при солнечном сиянии, с тихим ветром.
В тот день царевич Алексей Петрович с сего света в вечную жизнь преселился.
Во всяком случае, более чем вероятно: царевич подвергся третьему пыточному розыску, и на сей раз смертельному. Чего ещё, каких признаний от него могли добиваться его судьи и палачи, хотя и придумали новые опросные пункты… Конечно, добивались уже не признаний, а самой смерти. Только эта смерть могла упрочить наследие престола за маленьким сыном Екатерины и успокоить опасения за свою будущую судьбу как Екатерины, так и Меньшикова. Тогда как первая показывала вид печали, последний даже не скрывал своего удовольствия после кончины царевича.
Вероятнее всего, царевич умер вследствие пытки: достоверно, что 26 июня утром в 8 часов его пытали в Трубецком роскате, а в 7 часов пополудни церковный колокол возвестил о кончине его.