Когда дошло до привлечения к следствию Гедеона, в его доме были обнаружены цидулки, значение которым Тимофей Палехин придал не то, на которое, по-видимому, рассчитывал Гедеон. По рассказу архимандрита, ему, когда он был в Ундове монастыре, какая-то старушка вручила бумажку. Гедеон решил, что это была просьба о поминовении усопшей, механически сунул цидулку в карман, но когда дома стал ее читать, то обнаружил просьбу, «чтоб он утешил словом погибающую от печали в Суздале и воздал ей честь и назвал бы ее целым именем, будто она будет не царевичева, но царева мать. Письмо ей тотчас сжег и никто б не видал».
Гедеон послушался совета. Будучи в Суздале, он в лицо назвал Евдокию царицею. «То де он чинил не своим хотением, но по выше писанным просительным словам Лопухина». Сам же он, Гедеон, ведал, что ей «царицей не бывать». В келье он «пивал» рейнское и церковное, был одарен бывшей царицей полотенцем. Гедеон признался, что был знаком с Досифеем, однажды даже навестил его, но «крайней любви и дружбы с ним не бывало». Образ Александра Невского он подарил Евдокии Федоровне по совету Досифея, от него же передал куль рыбы, а от себя — портище камки.
Когда Палехин донес о повинной Гедеона в Тайную канцелярию, там проявили к нему интерес и велели доставить в Москву «за крепким караулом».
Кроме того, руководитель Тайной канцелярии П. А. Толстой велел Палехину отправиться во Владимир для обыска в доме Гедеона. Там Палехин обнаружил помимо цитированной выше цидулки еще одну, написанную на клочке бумаги: «Господин архимандрит, поволь ехать к Москве совсем. Будет по тебя присылка ис Преображенского в самом царственном деле скоро, а уж тебе здесь не бывать. Пожалуй, уезжай совсем, присыльные тебя разграбят. Жаль тебя, добрый ты человек».
На вопрос Палехина, от кого это письмо, Гедеон приготовил заранее обдуманный ответ: «Подобного письма к нему ни от кого не бывало», и высказал предположение, что оно было либо адресовано его предшественнику архимандриту Иосифу, отстраненному от должности за блуд и уже умершему, либо подкинуто ему во время пожаров в монастыре в 1717 и 1719 годах. Гедеон еще раз подтвердил, что «он того письма конечно не помнит… да и имени ево, Гедеонова, в том письме не написано».
Содержание письма, как и объяснения Гедеона, вызвали у Тайной канцелярии еще больше подозрений. 6 апреля 1721 года Гедеона «за крепким караулом» доставили в Петербург. Толстой велел Ушакову добиваться от архимандрита откровенных показаний, а «буде учнет в том упрямитца, то, согласясь с правительствующим духовным Синодом, хотя и покрепче спросить не грех, однако же все предаю в ваше разсуждение». Умудренный опытом заплечных дел мастер, отличавшийся крайней жестокостью и умением добывать у колодников нужные показания, счел самым надежным способом застенок и обратился в Синод с просьбой лишить Гедеона сана. Дело было сделано, и архимандрит Гедеон в угоду Тайной канцелярии стал именоваться «расстригой Григорием».
Угроза пыток подействовала на Гедеона, однако он стал путаться в своих показаниях. Чем противоречивее были его показания, тем больше вызывали они подозрений: сначала он говорил, что первое письмо было написано его умершим племянником, затем признался, что его написал он сам по совету архимандрита Иосифа, наконец заявил, что «все то мое писанное писал с ним, Иосифом, наедине в 1718 году».
После первой пытки 25 мая 1721 года, когда расстриге Григорию было дано 25 ударов, он отрицал свою связь с Аврамом Лопухиным, но признал, что «другое письмо о выезде из монастыря писал он, устрашився келаря Павла Подлянского, своею рукою, коварством и подставкою отписывался, чтоб ево (Гедеона. —
Любопытно показание расстриги Григория, характеризующее нравственный облик епископа Досифея. Оказывается, тот, будучи ростовским владыкой, советовал Гедеону прибавить в раку Александра Невского «хотя бы простых человеческих костей и голову приложить какого ни есть человека, давно умершего». У Гедеона хватило ума не воспользоваться этим советом, и он «того никогда не учинивал». Однако этим признанием расстрига Григорий еще больше отягчил свое положение, поскольку дал Тайной канцелярии повод вести розыск по новому обвинению.