В сознании царя судьба сына в конечном счете трансформировалась в судьбу преобразований. Петр не сомневался, что все, им содеянное, чему он вместе с народом отдал талант и энергию лучших лет своей жизни, с воцарением сына пойдет прахом, и страна вновь превратится в Московию, в захолустье Европы, чем она и была до начала его преобразований. Судьба сына или судьба страны — таков был у царя выбор, и он его сделал. Читатель может принять этот выбор, равным образом как и оспорить его.
Розыск в Петербурге продолжался и после кончины царевича и вынесения приговора лицам, причастным к его делу. Хотя смысл в его продолжении отсутствовал, но такова природа работы бюрократического механизма, руководствовавшегося не рационалистическими, а чисто формальными соображениями: начатое дело необходимо довести до конца. К таким делам относится розыск Аврама Лопухина, родного брата бывшей царицы Евдокии Федоровны.
Петр и Тайная канцелярия явно переоценивали интеллектуальные способности Аврама, надеясь извлечь из него ценные сведения как об организации побега царевича, так и о его связях с сестрой, монахиней Еленой.
Лопухин был взят под стражу по предложению Скорнякова-Писарева, обнаружившего в Суздале его переписку с сестрою, еще 14 февраля 1718 года. Однако надежды следователей не оправдались: Лопухин не был причастен к главному преступлению — побегу царевича. Из его следственного дела явствует, что это был ординарный человек, оказавшийся, к счастью бывшей царицы, сердобольным и милосердным настолько, что с риском для себя готов был оказывать ей моральную и материальную помощь: он утешал ее в письмах, сообщал новости, касавшиеся судьбы ее сына царевича Алексея, посылал ей продукты и деньги.
Опытные следователи Тайной канцелярии предъявили ему 28 февраля 22 вопроса, значительная часть которых касалась его связей с сестрой. Из содержания некоторых вопросов явствует, что они возникли у следователей в связи с изучением показаний других подследственных.
Первые три вопроса касались бегства царевича: знал ли Лопухин о побеге царевича и давно ли советовался с ним или с кем-либо другим; были ли между ними письма, чрез кого пересылались и что в них было написано; когда царевич был в бегах, писал ли он письма в Цесарию, чрез кого посылал и каково было их содержание?
На все три вопроса Лопухин дал отрицательный ответ: «О побеге царевича не ведает, ни от кого о том не слыхал, писем от него никогда не бывало». Четвертый вопрос был задан в лоб и носил конкретный характер: «С резидентом цесарским обхождение ты имел ли и ныне имеешь ли, буде имел, то чрез кого, каких писем не посылал ли, понеже он, резидент, сказывал, что ты чрез него письма посылывал, то подробно сказать, о чем писанные».
Лопухин категорически отрицал не только посредничество австрийского резидента Отто Плейера в отправке писем в австрийские владения, но и знакомство с ним: «Он с ним незнаком, у него не бывал, а резидент у него, Лопухина, тоже не бывал». Лопухин лишь признал, что о побеге ему сообщил Иван Большой Афанасьев недель через пять-шесть после своего возвращения из Померании. Лопухин спросил у Афанасьева: «Где царевич обретается?» Получил ответ: «Обретается в Тироле». Лопухину хотелось знать подробности, и по наивности он задал вопрос: «Скажи де для Бога, с кем он об этом думал?» От прямого ответа Афанасьев уклонился и «будто смехом сказал: „Мы де ево это намерение ведали“».
Особый интерес следствие проявило к отношению Лопухина с Глебовым: «Ведал ли, что Глебов с сестрой жил блудно? Ведал ли о возмутительных письмах, вынутых у Глебова?» Аврам ответил: о блудной жизни Глебова с сестрой он не ведал, но «сестра де ево об нем, Степане, к нему, Авраму, писала, чтоб он к нему был добр, и он де к нему не токмо добр был, но и не любил ево». Далее Аврам явно запутался, ибо его показания приходят в противоречие с прежним заявлением о неосведомленности относительно блудных связей Глебова с сестрой: «Архиерей де Ростовский Досифей, как он был в Спасском монастыре архимандритом, приезжал к нему в Москву, когда он, Глебов, был у набору рекрут в Суздале, и говорил ему: „Умилосердствуй как-нибудь и зделай, чтоб ему, Степану, там не быть, понеже де блюдуся от него пакости“. И он де о том был в великом сумнении».
Самое тяжкое обвинение Лопухина, вскрытое во время первого Суздальского розыска, касалось его осуждения правительственной политики, сопровождавшейся усилением «тяготы народной», произволом губернской администрации. Обвинения Лопухин признал, но заявил: «То де казал в беспамятстве своем и великом страхе и ужасе».