Похороны совершались не за счет сумм государственного бюджета, а за счет денег, конфискованных у Кикина.
Историки располагают подробным описанием церемонии похорон, которое приведено в «Записке о преставлении и погребении царевича Алексея Петровича».
27 июня тело царевича положили в обитый черным бархатом гроб, который был установлен в деревянных хоромах Петропавловской крепости; «и читали над оным соборные священники попеременно Псалтырь». На следующий день гроб с телом был перенесен в Троицкую церковь. На выносе присутствовали архимандриты и священники во главе с епископом Корельским и Ладожским Аароном. Светские чины были представлены канцлером Головкиным и двумя деятелями Тайной канцелярии — майором Ушаковым и капитан-поручиком Скорняковым-Писаревым. При гробе стояли по два гвардейских сержанта, и «дозволено было всякого чина людям, кто желал, приходить ко гробу его царевичеву, и видеть тело его, и со оным прощаться».
Сами похороны состоялись 30 июня. В этот день царским указом велено было «всем бывшим в С.-Питербурхе архиереям, епископам, архимандритам и прочим духовного чина от всех церквей священникам с причетники, також всем господам генерал-фельдмаршалу и кавалеру светлейшему князю Александру Даниловичу Меншикову, и министрам, и сенаторам, и генералам, губернаторам, вице-губернаторам и от лейб-гвардии Преображенского и Семеновского полков и гарнизонным штаб— и обер-офицерам и С.-Питербурхским жителям и всем приезжим знатным, стольникам, стряпчим, дворянам, ландрихтерам и ландратам и дьякам и с дамами, чтоб были к погребению тела его, царевичева, пополудни в четыре часа, и съезжались к Троицкой церкви, и ожидали прибытия его царского величества. И вышепомянутые персоны того числа по четырех часах к Троицкой церкви съехались. А пополудни в 7-м часу изволили в Троицкую церковь прийти царское величество и потом ея величество государыня царица Екатерина Алексеевна».
По прибытии царской четы было совершено надгробное пение. Затем царь и царица «соизволили с телом царевичевым проститься и оное целовали», а вслед за ними целовали руку сына царя знатные персоны. После этого началось шествие из Троицкой церкви к Соборной церкви Петра и Павла, расположенной в Петропавловской крепости, «ко уготовленному к погребения онаго месту».
«Записка» приводит порядок шествия: впереди несли святую икону, за нею следовали певчие, за ними священники, иеромонахи, архимандриты и архиереи, перед гробом шли протодиаконы и диаконы и кадили. Непосредственно за гробом шествовал царь, а за ним — Меншиков, министры, сенаторы и «прочие персоны». После них «изволила идти ее величество государыня царица, а за ее величеством госпожи вышеписанных знатных персон жены». «Со обыкновенным пением и молитвами» тело царевича положили в соборе рядом с телом его супруги. «И потом по указу его царского величества духовные персоны все и знатные мирские званы в помянутые хоромы… и довольствованы в поминовение оного обыкновенным столом, а духовные особы и деньгами, а потом разъехались».
Через месяц после смерти царевича Петр, находясь в Ревеле, отправил Екатерине письмо загадочного содержания, смысл которого трудно уяснить: «Что приказывала с Макаровым, что покойник нечто открыл, (расскажу) когда Бог изволит вас видеть; я здесь услышал такую диковинку про него, что чуть не пуще всего, что явно явилось». Что за «диковинку» довелось услышать царю в Ревеле? Не подразумевались ли под «диковинкой» полученные царем сведения о том, что Алексей предпринимал шаги к бегству из Неаполя в Швецию с намерением добывать престол при помощи войск Карла XII? Едва ли что-нибудь еще могло быть названо «пуще всего, что явно явилось» в ходе следствия. Догадка эта подтверждается донесением барона Гертца, руководителя шведской делегации на Аландском конгрессе, в котором он сетовал на то, что с отдачей царевича Алексея Толстому и Румянцеву упущена возможность заключить выгодный мир с Россией[18].
Было бы ошибкой рассматривать столкновение между Петром и Алексеем только как семейную трагедию, порожденную различиями в темпераменте, складе характера, духовном облике отца и сына. Суть непримиримых противоречий состояла даже не в том, что Алексей, одолеваемый честолюбием, не брезговал никакими средствами, чтобы овладеть престолом. Все это, разумеется, имело значение, создавало во взаимоотношениях накаленную атмосферу. Но в данном случае друг другу противостояли две концепции настоящего и будущего России: одну из них претворял в жизнь отец, другую, диаметрально противоположную, намеревался осуществлять сын, как только окажется у власти. Ставки были велики, а дороги расходились круто. Как дальше пойдет Россия, по пути ли преобразований, которые выводили ее в число могущественных стран Европы, или по пути все большего отставания?