По отзыву князя Бориса Ивановича Куракина, Наталья Кирилловна была «доброго темпераменту, добродетельного», но «ума легкого». Эти свойства ее натуры должны были стать итогом миролюбивого отношения к детям ее мужа от первого брака. Возможно, царица даже постаралась подружиться со старшими дочерьми Алексея Михайловича, близкими ей по возрасту: Евдокия была старше мачехи на полтора года, а Марфа — ровно на год моложе. Обе царевны отличались тихим нравом и, по-видимому, не были склонны враждовать с молодой царицей. Но Наталья Кирилловна вряд ли была способна найти подход к гордой, независимой и резкой Софье, которая к тому же еще не вышла из подросткового возраста со свойственными ему упрямством и бунтарством. Некрасивая угрюмая царевна, глядя на обаятельную отцовскую супругу, несомненно, испытывала зависть; это тяжелое чувство, даже подавляемое ее недюжинным умом, должно было проявляться хотя бы подспудно — такова уж природа женского пола. В то же время ощущение своего интеллектуального превосходства заставляло юную девушку относиться к мачехе со скрытым презрением — недаром впоследствии, уже став правительницей, Софья говорила, что Наталью Кирилловну и ее братьев «Бог обидел». Царица и царевна во всех отношениях были диаметрально противоположны, между ними не могло возникнуть дружбы или хотя бы симпатии. Однако это вовсе не предполагает непременного наличия взаимной ненависти и вражды. Скорее всего, Наталья и Софья попросту по возможности избегали общения друг с другом. В целом же при жизни Алексея Михайловича в семье, по-видимому, царили мир и согласие.
С появлением в Кремле молодой государыни жизнь двора заметно активизировалась. Гораздо более частыми стали поездки царского семейства на богомолье в подмосковные монастыри и выезды на летний отдых в дворцовые села. К северу от Москвы по дороге в Троице-Сергиев монастырь государь с женой и детьми останавливался в Алексеевской и Воздвиженской обителях; на юго-западном направлении, по пути в звенигородский Саввино-Сторожевский монастырь, остановка делалась в селе Павловском. Любимыми резиденциями Алексея Михайловича являлись Преображенское и Измайлово, расположенные к северо-востоку от столицы, а также Воробьево и Коломенское — к югу.
Государь был большим любителем природы, деревенской жизни и соколиной охоты, поэтому в летние месяцы старался по возможности выезжать с семьей из Москвы. В год его женитьбы на Наталье Кирилловне в Коломенском на высоком берегу Москвы-реки был построен великолепный деревянный дворец-городок с двумя сотнями помещений, в том числе парадными покоями, расположенными анфиладой. Для всех членов царской семьи были построены отдельные терема, каждый под своей кровлей разнообразной формы: шлемовидной, бочкообразной, шатровой или луковичной. Терема соединялись в живописный асимметричный ансамбль лестницами, галереями, сенями и переходами. В летние месяцы царская семья проводила здесь значительную часть времени. К сожалению, нет никаких сведений о занятиях детей Алексея Михайловича на природе. Можно лишь предположить, что серьезная Софья больше любила чтение, чем бесцельные прогулки на свежем воздухе. Достаточно часто семья бывала и в Измайлове, где по приказу царя были разбиты огромные сады и огороды с лекарственными и душистыми травами. В великолепных измайловских прудах разводилась рыба. Особый интерес представлял находившийся в Измайлове зверинец, где можно было увидеть лосей, оленей, кабанов и бурых медведей. Более редкие животные — рыси, леопарды и даже белый медведь — стали его обитателями уже после кончины Алексея Михайловича, при его наследнике Федоре. По свидетельству нидерландского посла в России Кунраада ван Кленка, в Измайлове имелась «оранжерея с цветником и парком, величиною моргенов в двадцать (около половины гектара. —
Тридцатого мая 1672 года царица Наталья произвела на свет первенца — Петра Алексеевича, которому впоследствии было суждено стать злым гением Софьи. В отличие от единокровных братьев мальчик родился совершенно здоровым. В то время вряд ли можно было предполагать, что он непременно займет российский престол — перед ним по старшинству стояли Федор и Иван, каждый из которых мог произвести на свет наследников. Поэтому нет никаких оснований считать, что рождение Петра стало поводом для беспокойства Софьи и ее сестер. Передача престола по линии отпрысков царицы Марин казалась тогда вполне обеспеченной.