Еще прежде этого окончательного усмирения Иоанн позаботился о церковном устроении вновь покоренного царства и распространении здесь православия. Для сего в Казани учреждена была особая архиепископская кафедра, и первым архиепископом сюда был поставлен игумен Селижарова монастыря Гурий. Его отправили в новую епархию с архимандритами Варсонофием и Германом, с игумнами и священниками (1555 г.). В наказе, данном Гурию, ему поручено привлекать татар разными мерами, например: избавлять провинившихся от наказания, если они изъявят желание креститься, часто угощать новокрещеных, поить их квасом и медом, вообще действовать не страхом и жестокостью, а любовью и лаской. При сем казанскому наместнику князю Петру Ивановичу Шуйскому вменено в обязанность быть в единодушии с архиепископом и советоваться с ним в делах управления. На содержание архиепископа и духовенства, кроме хлебного и денежного жалованья, назначена была часть сел и земель, бывших прежде во владении казанских царей и вельмож. К Казанской епархии причислены были Свияжск с нагорною стороною Волги, Васильсурск и вся Вятская область. В ряду русских иерархов архиепископ Казанский и Свияжский занял степень ниже Новгородского владыки и выше Ростовского. Для закрепления новозавоеванного царства за Москвою построено несколько крепостей, заселенных детьми боярскими и стрельцами; таковы в особенности Чебоксары, на нагорной стороне Волги, и Лаишев на правом берегу Камы недалеко от ее устья. Последний должен был служить защитою от «прихода Ногайских людей», как выражается летопись.
Ногайские татары занимали тогда своими кочевьями и становищами все огромное пространство между Волгою и морями Аральским и Каспийским. Это, собственно, так называемая Большая Ногайская орда; средоточием ее был город Сарайчик, лежавший на нижнем течении реки Яик. На юге, между Азовским и Каспийским морем, кочевала Малая Ногайская орда. Главная или Волжско-Яицкая орда, при своей многочисленности, могла бы сделаться очень опасным соседом для Московского государства, но в ней не образовалось единой власти подобно Крымскому ханству. Ногайские князья (беки или бии) происходили от известного мурзы Эдигея. Достоинство улу-бия, т. е. великого князя, переходило к старшему в Эдигеевом роде и служило нередко предметом междоусобий. По образцу Золотой Орды и Крымской, этот верховный князь был окружен татарской аристократией, носившей титулы мурз, карачиев и уланов, которые стояли во главе своих родов; но власть его не была велика и сила его зависела от верности или преданности этих знатных людей. Раздорами и разъединением ногаев московская политика ловко пользовалась в своих видах. В данную эпоху улу-бием в этой орде считал себя Юсуф, отец Суюнбеки, дед маленького Утемиш-Гирея. Он, конечно, с неудовольствием смотрел на плен своей дочери и внука и на падение Казанского царства; но, несмотря на возбуждения со стороны крымцев и турецкого султана, оказал лишь ничтожную помощь Казани, ибо его силы и внимание были заняты борьбою с собственным братом мурзой Измаилом. Последний не признавал старшинства Юсуфа и сам стремился занять место верховного ногайского князя; торговые выгоды связывали его с Москвою. Меж тем как татары Юсуфа торговали главным образом с Бухарой, Измаиловы татары гоняли на продажу в Москву огромные конские табуны и получали большие выгоды от этой торговли. Кроме того, Московское правительство посылало Измаилу богатые подарки, а также давало ему на помощь стрельцов и вообще усердно поддерживало его соперничество с Юсуфом, с которым, впрочем, тоже старалось быть в добрых отношениях и награждало его подарками. После взятия Казани, когда произошли мятежи казанских народцев, Юсуф оказывал им помощь и даже собирался с своими мурзами идти на Москву во главе стотысячного ногайского ополчения; Измаил же не только отказался принять участие в этом походе, но и отговорил других мурз, и таким образом поход не состоялся. Тот же Измаил помог Москве завоевать царство Астраханское.