Члены княжеских фамилий, менее знатных, попали в Думу только в качестве окольничих и только отчасти потом дослужились до боярского сана. В числе окольничих в XVI веке вообще преобладало старое московское (нетитулованное) боярство, которое, как видно, успело отстоять за собой вторую ступень, уступив первую только знатнейшей княжеской аристократии и став выше менее знатных княжеских родов; таковы фамилии Морозовых, Тучковых, Салтыковых, Шеиных, Беззубцевых, Шереметевых, Сабуровых, Годуновых, Колычевых и т. д. После бояр и окольничих третью ступень в думе занимали «думные дворяне»; о них источники упоминают со времени Василия III и малолетства Грозного, называя их «дети боярские, которые в думе живут». Такое выражение ясно указывает на их происхождение: государь (может быть, уже Иван III, а тем вероятнее Василий III) брал наиболее родовитых людей из сословия детей боярских и сажал их в думу, где некоторые из них потом дослуживались до окольничества и даже до боярства. Эти думные дворяне принадлежали обыкновенно к обедневшим и захудалым фамилиям, выделившимся из родов княжеских и простых боярских. Подобных захудалых фамилий, иногда даже утративших свой прежний княжеский титул (напр. Ржевские, Татищевы и пр.), с течением времени образовалось большое количество. Иногда же государь жаловал в думные дворяне людей совсем не родовитых, но хороших дельцов, которых потом возвышал в окольничие; например, Алексей Адашев. Точно так же думные дьяки иногда жаловались в думные дворяне и могли достигать окольничества (напр., Василий Щелкалов), но никогда боярства.
Организованная таким образом боярская дума хотя и ставила на первом месте знатные княжеские роды, но сильно ограничивала их как немногочисленным выбором, так и помещением наряду с ними людей менее родовитых, зато отличавшихся заслугами и умственными дарованиями.
Удельные князья, переходившие на московскую службу, обыкновенно сохраняли за собой владение многими землями и вотчинами, находившимися в их прежних уделах, пользуясь при сем разными привилегиями в отношении суда и администрации; таковы были потомки князей Ярославских и Белозерских. Иногда они продолжали ведать своими уделами в качестве наместников великого князя Московского; некоторые из них выступали в походы все еще во главе своих особых удельных дружин, как, например, князья Воротынские и Одоевские. Таким образом поддерживались тесные связи между потомками удельных князей и населением их бывших уделов, поддерживались старые воспоминания и притязания. Иван III и Василий III относились к этим связям с осторожностью и терпимостью, предоставляя действовать времени и обстоятельствам; при случае они покупали вотчины у бывших удельных князей и выменивали их на другие. Но Иван IV, с свойственным ему нетерпением, деспотизмом и ненавистью к знатнейшим фамилиям, старался возможно скорее порвать их старые связи с бывшими уделами; поэтому часто или конфисковал у них наследственные вотчины под каким-либо предлогом, или произвольно менял их на вотчины и поместья, расположенные в других областях государства. Рядом с казнями, заточениями, насильственным пострижением и даже запрещением жениться для прекращения или ослабления знатнейших родов, эти меры хотя и ускоряли движение цели, но как всякое насилие, производимое при том без особой государственной нужды, они вызывали пока глухое раздражение и прибавляли лишние семена для будущих смут.