Во главе Боярской думы стояла тогда фамилия Шуйских, именно старший из них, князь Василий Васильевич, тот самый, который отличился энергией и жестокостью в деле смоленских изменников. Устранив Елену, Шуйский, конечно, не пощадил и ее любимца. Еще не прошла неделя после ее смерти, как князь Иван Овчина-Теле-пнев-Оболенский был схвачен вместе с сестрой своей Агриппиной Челядницей, мамкой великого князя. Оболенского уморили в темнице голодом, а его сестру сослали в Каргополь и постригли в монахини. Чтобы породниться с юным государем, Василии Шуйский женился на его двоюродной сестре Анастасии. (Она была дочь сестры Василия III Евдокии Ивановны и крещеного казанского царевича Петра Ибрагимовича). Боярская дума освободила заключенных при Елене князей Ивана Бельского и Андрея Шуйского. Но тотчас обнаружилось взаимное соперничество этих двух знатнейших фамилий, т. е. Шуйских и Бельских. Каждая из них имела многочисленных родственников, приятелей и клиентов, которых, конечно, старалась возвысить чинами бояр и окольничих и обогатить разными пожалованиями. Шуйские оказались сильнее и взяли верх, так что Иван Федорович Бельский вскоре был снова заключен; пострадали и его сторонники. В числе последних находились сам митрополит Даниил и Федор Мишурин, один из любимых дьяков Василия III. Этого Мишурина Шуйские схватили на своем дворе и отдали для казни детям боярским, которые раздели его донага и отрубили ему голову на плахе перед тюрьмой, без государева приказа. В это время сам Василий Шуйский внезапно умирает; его значение в Боярской думе переходит к его брату Ивану. Первым действием сего последнего было свержение митрополита Даниила; с него взяли грамоту, по которой он будто бы сам отрекся от архиерейства, а потом сослали его в тот же Иосифов Волоколамский монастырь, откуда он был призван на митрополию. На его место возвели Иоасафа Скрипицына, игумена Троицкого (в феврале 1539 года). Иван Шуйский, очевидно, уступал своему брату в уме и энергии; он отличался более грубостью, высокомерием и корыстолюбием. Иван IV впоследствии вспоминал, как Бельский расхищал царскую казну под предлогом уплаты жалования детям боярским, а на самом деле присвоивал ее себе; причем из царского золота и серебра приказывал ковать себе кубки и сосуды, подписывая на них имена своих родителей, как будто они достались ему в наследство. «А всем людям ведомо, — прибавляет Иван IV, — при матери нашей у Ивана Шуйского шуба была мухояр зелен на куницах, да и те ветхи, и коли бы то их была старина, и чем было сосуды ковати, ино лучше бы шуба перемените». Вспоминая о высокомерии и грубости того же Шуйского, царь говорит, что когда он в детстве играл с своим младшим братом Юрием, то князь Иван Шуйский тут же «сидит на лавке, локтем опершися о постелю нашего отца, ногу наложив». Многочисленные клевреты Шуйских, конечно, спешили захватить доходные места наместников и судей в областях, где безнаказанно угнетали народ всякими поборами и торговали правосудием. Так, во Пскове свирепствовали наместники князь Андрей Шуйский и князь Василий Репнин-Оболенский. Псковский летописец говорит, что они были свирепы, как львы, а люди их, как звери дикие; от их поклепов добрые люди разбегались по иным городам и честные игумены из монастырей бежали в Новгород, и не только сами псковичи уходили от лихих наместников, но пригорожане не смели ездить во Псков. «А князь Андрей Михайлович Шуйский был злодей: дела его были злы на пригородах и волостях; (возбуждая) истцов на старые тяжбы, он выправлял с ответчиков с кого сто рублей, с кого более; мастеровые люди во Пскове все делали для него даром, а большие люди несли к нему дары». Хищения и насилия внутренние сопровождались и внешними бедствиями: южные и восточные пределы наши безнаказанно опустошались Крымскими и Казанскими татарами; Шуйские не умели дать им отпор.
Митрополит Иоасаф, хотя и возведенный Шуйским, однако скоро от них отшатнулся и склонился на сторону их соперников Бельских. В следующем 1540 году, по ходатайству митрополита перед великим князем и думой, Иван Бельский был внезапно освобожден и занял свое место в думе, где к нему тотчас пристало большинство бояр, тяготившееся владычеством Шуйских и их клевретов. Руководство правлением перешло в руки Бельского, и дела немедленно приняли оборот более благоприятный для государства.