Скоро, однако, царственному плотнику-подмастерью пришлось внять голосу матери, временно устраниться от любимых занятий и любезных ему мастеров «Немецкой слободы» и действительно подумать о своей дальнейшей судьбе. Притязаниям Софии наступила пора дать отпор, и настало время променять топор, пилу и барабан на единодержавный скипетр, для которого семнадцатилетняя рука его уже достаточно окрепла.
Осенью 1689 года у него произошёл окончательный разрыв с сестрою, которую, по настояниям близких ко двору Натальи Кирилловны лиц, он решил устранить от незаконного участия в управлении делами государства.
Придя к такому решению, он писал старшему брату, царю Ивану Алексеевичу: