Своеобразно сложились отношения Алексея Романова с русской Церковью. Он сблизился с ее реформатором — митрополитом Новгородским, а затем патриархом Никоном. Сей церковный муж родился в 1605 году, в деревне близ Нижнего Новгорода, получил при крещении имя Никита. Воспитывался он мачехой, которая отличалась злым нравом и какой-то особой нелюбовью к своему пасынку. С раннего детства в нем заметили большую охоту к ученью, и один добрый монах из соседнего монастыря вызвался обучить ребенка грамоте. Мальчик быстро научился читать и писать, полюбил монашескую жизнь. Когда Никите минуло двадцать лет, родители заставили его жениться и помогли получить приход. Вскоре в округе распространился слух о его знаниях и энергии, и молодого священника перевели в Москву. Через несколько лет он решил бросить карьеру, предназначаемую для белого духовенства, — по канонам православной церкви она не могла привести его к высшим церковным должностям, а это противоречило его честолюбивым планам. Будучи уже отцом троих детей, он расстается со своей женой, надевает рясу и принимает имя Никон. Сначала его отправляют в отдаленный монастырь в качестве игумена. В тридцать восемь лет, прибыв в Москву по делам своей общины, он обратил на себя внимание царя Алексея. По его повелению Никон был назначен архимандритом монастыря, где находились могилы фамилии Романовых. Каждую пятницу служил он заутреню в часовне государя, по окончании службы вел с ним различные беседы. Влияние Никона на царя все больше возрастало, и он не преминул воспользоваться этим. Сначала Никон стал митрополитом, а затем государь посвятил его в патриархи, сделав своим духовным отцом.
Огромный рост, большая голова, черные волосы, низкий нахмуренный лоб, густые брови над пронизывающими глазами, грубый голос — таков был этот человек, нашедший дружбу и покровительство самого царя. В течение нескольких лет он властно вмешивался в светские дела, заменял царя во время его отсутствия, от его имени издавал циркуляры, составлял распоряжения. И почести вскружили голову тщеславному церковному служителю. Он захотел большего — стал оказывать прямое влияние на государственные дела и претендовать на титул «Великий Государь», который когда-то носил дед царя Алексея патриарх Филарет. Никон считал, что глава церкви — это солнце, а царь — всего лишь луна, отражающая солнечный свет. Платья иноземного покроя он объявил чертовщиной и велел сжигать их на костре.
А в сорока семи километрах от Москвы патриарх выстроил монастырь по образцу Иерусалимского Храма. Великолепное сооружение на берегу реки Истры он назвал Новым Иерусалимом. Такая смелость поразила даже царя Алексея. В том же году произошла первая размолвка между государем и патриархом Никоном. Это было началом «великой ссоры», продолжавшейся семь лет. Немилость царя возрастала стремительно.
Никон грозился снять с себя патриаршие одежды, попытался использовать прихожан, чтобы настроить народ в свою пользу. В знак обиды на государя он даже оставил Москву и уехал в свой монастырь.
И вот тут-то произошло непредвиденное. Царь Алексей проявил волю и не послал за обидевшимся. А церковные деятели, недовольные властолюбивым Никоном, созвали в Москве Собор, пригласив на него вселенских патриархов. Этот Вселенский Собор был настоящим судом над Никоном. Главным обвинителем выступал сам царь. Он излил гнев и отвращение, которые накопились за все эти годы всевозможных дрязг и нападок на свое «царское достоинство».
Собор приговорил обвиняемого к лишению сана и к пожизненному заключению в монастыре. Исполнение приговора состоялось втайне, так как Никон воспротивился решению суда, Александрийский патриарх лично снял с него клобук, унизанный дорогими жемчугами, и усыпанную драгоценными камнями панагию.
«Верите, — закричал осужденный, — делите между собой мои пожитки… вы грабите меня, как воры!»
На Никона надели простую рясу, но по требованию царя оставили ему епископскую мантию и посох. Отправили бывшего патриарха в далекий Ферапонтов монастырь. Был отдан, однако, приказ кормить его прилично и оградить от всякого оскорбления. Переписку ему запретили.
Царь Алексей и здесь проявил свое великодушие. Ссыльному по его приказу направлялись всевозможные яства по случаю многочисленных праздников православной церкви: вино, мед, семгу, стерлядь, икру, лимоны и прочие лакомства. Однако даже столь роскошные дары государя не мешали его бывшему духовнику и другу бесконечно плакаться на свою горькую судьбу и выпрашивать у государя разрешения перевести его в Новоиерусалимский монастырь. Он даже пошел на то, что сознался в своих ошибках и просил у царя прощения.