Но лишь после смерти Алексея Михайловича Никону было разрешено возвратиться в Москву. Он нашел себе защитников в семье третьего царя Романова — Федора. За него вступилась одна из сестер Алексея Михайловича, царевна Татьяна, которая с детства сохраняла глубокую привязанность к старому другу своего брата. В 1681 году по ее настоянию Федор решил перевести бывшего патриарха из далекого монастыря в Новый Иерусалим. Но приказ о помиловании слишком задержался. Престарелый и тяжело больной Никон скончался по пути в Москву.
А вот нововведения опального Никона, поддержанные царем Алексеем и утвержденные Вселенским Собором, получили свое дальнейшее развитие. Начатое им исправление церковных книг пошло дальше. Русская православная церковь разделилась отныне на официальную (никонианскую) и старообрядческую. Много человеческих жизней загублено было реформой церкви. В России впервые появились различные религиозные секты, некоторые из них существуют и по сей день. Сохранилась и старообрядческая церковь, преследовавшаяся многими правящими представителями Дома Романовых. Венчание и крестины производятся в этой церкви по старым литургическим книгам, объявленным реформатором несоответствующими христианским канонам.
В связи с расколом Русской церкви большой след в памяти потомков оставила свояченица Бориса Морозова — жена его родного брата — Феодосия Морозова, она овдовела в тридцать лет, а после раскола православной церкви, стала активным приверженцем старообрядчества. Ее родители, обладая большим состоянием, были близки ко двору. Сама же боярыня Морозова стала убежденной сектанткой и горячей сторонницей аскетического образа жизни: носила власяницу, проводила ночи в молитвах, питалась скудной пищей, днем пряла, ткала и шила рубахи, раздавая их нищим на улицах Москвы, тайком в сопровождении служанки посещала тюрьмы и больницы для бедных, распределяла помощь деньгами и продуктами. Был у нее сын. Когда он вырос, она тайно постриглась в монахини, приняв имя Феодора. Примеру боярыни последовала и ее родная сестра, княгиня Урусова. Женщины создали вокруг себя группу, где исповедание проводилось по старым обрядам, пользовались старыми книгами, запрещенными реформой церкви, и занимались распространением так называемого «раскола». Это дошло до государя. Был отдан приказ арестовать обеих сестер. Когда боярыню Морозову везли мимо царского дворца, она, думая, что царь Алексей смотрит на нее, подняла с усилием свою руку, скованную цепью, и осенила себя двуперстным крестом. Именно так и изобразил ее на своей известной картине русский художник Суриков.
Поместили знатных женщин в монастырь, ставший им тюрьмой. Иногда их посещали священники, в душе сочувствующие им, поговаривали, что даже сам царь однажды ездил в тот монастырь и, долго простояв под окном кельи одной из арестованных, сказал, не скрывая своего сожаления, сопровождавшему его придворному: «Не знаю, действительно ли они страдают за правду». Это, возможно, и легенда, но очень уж в духе характера второго Романова.
Какова дальнейшая судьба сестер? Все имущество боярыни Морозовой было конфисковано, сын умер от горя. Новый патриарх — Питирим — попросил разрешение у царя посетить «заблудшую», чтобы попробовать вывести ее на правильный путь. «Вы не знаете, что это за женщина, — сказал ему государь. — Впрочем попытайтесь!»
Но попытка не удалась. Арестованная отказалась идти к патриарху, а когда ее внесли силой в его комнату, и глава церкви хотел снять с нее платок, чтобы причастить, она в исступлении закричала: «Не трогайте меня, не заставляйте погибнуть бедную грешницу!» — и стала так сильно отбиваться, что, согласившись с царем и уступая своему гневу, Питирим велел выгнать «бешеную» вон. Охранники схватили одержимую за цепь, висевшую у нее на шее, и вытащили ее волоком во двор.
Сестер пытали, но ни один стон не вырвался из их уст, ни малейшей слабости они не проявили. Царь Алексей был смущен, патриарх высказался за применение «закона», то есть сожжение. Бояре взволновались, появились ходатаи. Даже сестра царя, Ирина, пользовавшаяся его особой любовью, упрекала Алексея за его жестокость, припоминала ему заслуги Бориса Морозова, в котором он видел своего второго отца. И, как потом говорили, царь решил еще раз попытаться увещевать боярыню. Направил к ней стрелецкого капитана с приказом предложить ей поднять руку с тремя сложенными пальцами, как того требовал новый церковный устав, обещая, что в этом случае государь пришлет за ней свою собственную карету с великолепными лошадьми и свитой из бояр для возвращения домой.
«У меня были великолепные экипажи, — ответила Морозова, — и я о них не сожалею. Велите меня сжечь: это единственная честь, которой я еще не испытала и которую сумею оценить».