До сих пор явления, связанные со сверхтекучестью гелия, продолжают быть объектом исследования во многих странах. Некоторые наблюдавшиеся Капицей и его сотрудниками эффекты были объяснены лишь через много лет. Примером этому может служить получение новой квантовой жидкости — жидкого изотопа гелия 3He (природный гелий состоит из двух изотопов: 4He и 3He). С теоретической точки зрения квантовая жидкость 3He представляет большой интерес. Теория ее была разработана Л.Д. Ландау в 1956...1957 годах. Это и другие открытия, связанные с жидким гелием, рассматривались Нобелевским комитетом, и в результате Л.Д. Ландау была присуждена Нобелевская премия по физике 1962 года за его «исследования по теории конденсированных сред, особенно жидкого гелия».
В 1969 году по просьбе Королевского общества Капица написал биографический очерк о Ландау — своем близком сотруднике, с которым работал вместе с 1937 года. Он писал о Ландау: «Основная его сила как ученого была в четком и конкретно логическом мышлении, опирающемся на очень широкую эрудицию. Но такой строгий научный подход не мешал ему видеть в научной работе и эстетическую сторону, что приводило Ландау к эмоциональному подходу не только в оценках научных достижений, но и в оценке самих ученых. Рассказывая о научной работе или об ученых, Ландау всегда готов был дать свою оценку, которая обычно бывала остроумной и четко сформулированной. В особенности остроумным Ландау был в своих отрицательных оценках. Такие оценки быстро распространялись и, наконец, доходили до объекта оценки. Конечно, это усложняло для Ландау его взаимоотношения с людьми, в особенности, когда объект критики занимал ответственное положение в академической среде».
Изучение Капицей свойств сверхтекучести гелия-II было прервано войной. К осени 1941 года Институт физических проблем эвакуировался в Казань, куда направлялись и другие научно-исследовательские институты Академии наук СССР.
Институт разместили в старинных помещениях Казанского университета. Здесь по соседству были и другие академические институты. После приезда Капицы его вместе с семьей и тестем академиком А.Н. Крыловым поселили в домике, где в начале XIX века жил ректор Казанского университета знаменитый математик Н.И. Лобачевский.
В военное время задачи института изменились. На первое место выдвинулись работы научно-прикладного характера, представляющие особую ценность для промышленности и обороны. Сотрудники института под руководством Капицы занялись проектированием и постройкой ожижителей. Особенно важным считался тогда вопрос о производстве жидкого кислорода. Капице предложили заняться проблемой повышения производства кислорода. В связи с этим он продолжал в Казани совершенствовать турбодетандеры и изучать различные технические вопросы их эксплуатации. Исследования жидкого гелия из-за этого были прерваны.
Тем временем для развития в стране производства кислорода было решено создать в составе Министерства черной металлургии СССР Главное управление по кислороду — Главкислород. Правительство предложило академику Капице пост начальника этого главка и председателя технического совета. Это был редкий случай в практике, когда знаменитого ученого-физика пригласили занять ответственную должность в государственном аппарате. Капица согласился. Он представлял себе Главкислород как организацию особого рода, объединяющую науку и промышленное производство, основанное на научных достижениях.
В 1942 году произошло событие, о котором стало известно лишь много лет спустя. П.Л. Капицу, А.Ф. Иоффе и В.И. Вернадского срочно вызвали в Москву для участия в очень важном секретном совещании. Первый раз ученые и представители правительства обсуждали конкретно вопрос о создании советского атомного оружия. Участники совещания должны были решить, кого назначить руководителем «атомной проблемы». А.Ф. Иоффе сразу же предложил поручить это его ученику — И.В. Курчатову.
Как показало время, выбор был сделан правильно. Курчатов проявил себя выдающимся научным руководителем и организатором огромного коллектива ученых, конструкторов, инженеров и техников — участников работ по «атомной проблеме», завершившихся полным успехом.
Капица не участвовал в этой работе непосредственно. Но Курчатов обращался к нему за консультациями по отдельным вопросам.
Еще до окончания войны, летом 1943 года. Институт физических проблем возвратился из эвакуации в Москву. Переезд из Казани, как и отъезд туда, был неимоверно труден и потребовал больших усилий всего штата, которому пришлось вторично демонтировать оборудование, упаковывать его и грузить в эшелон.
Эта задача была успешно выполнена. Вновь, как и прежде, в корпусах на Воробьевском шоссе закипела работа. Капица и его сотрудники сумели быстро восстановить нормальный ход работы института и приступить к прерванным войной исследованиям. Конечно, одновременно институт продолжал заниматься промышленными и оборонными задачами — война еще продолжалась.