Началось завоевание Америки, от которого не осталась в стороне инквизиция: она сумела быстро воспользоваться возможностями, которые сулил Новый Свет. Как и в Испании, официальной целью инквизиции было выявление и преследование ереси, дабы обеспечить «чистоту» католического вероучения. Индейцы Нового Света, разумеется, ни сном ни духом не ведали о христианстве. Их нельзя было обвинить в ереси – или в отступлении от вероучения, – поскольку им не от чего было отступать. По этой причине они были объявлены неприкосновенными для инквизиции, – если только не были обращены в христианство, а затем вернулись к своим прежним верованиям и обрядам. Вскоре, однако, стало очевидно, что наказание обращенных индейцев, вернувшихся к своей прежней вере, только отпугивало от нового вероисповедания остальных. Такая ситуация грозила столкнуть инквизицию с миссионерами, для которых спасение «языческих» душ имело первостепенное значение. Инквизиция вынуждена была уступить. Она сделала это более или менее добровольно, ведь преследование индейцев в любом случае было малоприбыльным делом – например, в смысле конфискованного имущества или отлучения от Церкви. Все индейцы, таким образом, были выведены из-под юрисдикции инквизиции. На фоне сравнительной нехватки иудеев, мусульман и подлежащих преследованию еретиков в Новом Свете инквизиции подчас приходилось искать для себя
Это не означает, что инквизиция в Новом Свете не могла отыскать жертв, чтобы преследовать, подвергать суду и отправлять на костер. Однако примерно 60 процентов процессов, проведенных в Центральной и Южной Америке, своей причиной имели второстепенные провинности, такие, как эпизоды богохульства, правонарушения на сексуальной почве или проявление суеверия. Большая часть остальных случаев касалась псевдоиудействующих, а также христиан, подозреваемых в отправлении индейских обрядов или занятии алхимией, астрологией, каббалистикой и другими формами неортодоксальных или эзотерических учений. Кроме того, инквизиторы в Новом Свете могли поджаривать на своих кострах такой деликатес, не столь доступный их коллегам в Испании, как протестанты. Естественно, что протестанты рассматривались как наиболее зловредные и опасные из всех еретики. Они были неизвестной породой в Испании. Однако в океанах и прибрежных водах Америки их можно было встретить все чаще, нередко в виде английских или голландских пиратов и каперов. Их деятельность в таком качестве делала их тем более желанными кандидатами для костра.
Первые миссионеры были направлены в Вест-Индию в 1500 году, через восемь лет после высадки на берег Колумба. Первый епископ прибыл туда около 1519 или 1520 года, в то самое время, когда Эрнан Кортес отправлялся на завоевание Мексики. В 1519 году были также назначены два инквизитора. Один из них умер прежде, чем отплыл его корабль. Замена ему не была назначена до 1524 года. Новый инквизитор направился в Мексику, к этому времени полностью усмиренную. Здесь он нашел и сжег еретика и тут же возвратился в Испанию. Три года спустя, в 1527 году, в Мексику были назначены первые епископы, уполномоченные также действовать и как инквизиторы. Свой собственный трибунал в Мексике инквизиция учредила только в 1570 году. Трибунал был учрежден в Мехико и сразу же отобрал у местных епископов все полномочия по преследованию ереси. Первое аутодафе было проведено 28 февраля 1574 года. Об этом событии, за две недели до него, провозгласили замысловатые фанфары труб и барабанов. Событие было превращено в официальное зрелище на главной площади с сооруженными, как на стадионе, сидячими местами для чиновников и их семей, а также для провинциальных сановников, приглашенных в Мехико по этому случаю. Семьдесят четыре заключенных, подвергнутых суду, были преимущественно протестантами. Тридцать шесть из них были англичане – из тех, что остались от команды сэра Джона Хокинса, захваченной в плен шестью годами раньше. В завершение слушаний на костре были сожжены четыре протестанта – два англичанина, один ирландец и один француз.