После «великого аутодафе» 1649 года инквизиция в Мексике все больше впадала в спячку, почивая на своем богатстве. К тому времени она получала огромный доход, который практически не требовал от нее никаких усилий. Среди ее главных проблем были обвинения священников в сексуальных преступлениях, например в соблазнении женщин в исповедальне. Таких преступников, однако, редко сжигали, приговаривая к наказаниям различной тяжести. В 1702 году, когда Бурбоны сменили на испанском престоле Габсбургов, инквизиция пришла в упадок. В тот год она возбудила не более четырех дел – три против двоеженцев, одно против иезуита, которому доставляло удовольствие раздевать донага находящихся под епитимьей женщин и сечь их розгами. К концу восемнадцатого столетия война за независимость в Северной Америке, а затем и французская революция обеспечили инквизиции в Мексике новый
raison d'etre.Так называемые «вольнодумцы» рассматривались как еретики. Все, относящееся к недавно сформулированным «Правам человека», все, что являлось отголоском аргументов Томаса Пейна или таких французских писателей, как Вольтер, Дидро и Руссо, осуждалось как «вольнодумство». Это также осуждалось как бунтарские настроения – опасные как для государства, так и для Церкви. Инквизиция, таким образом, начинала функционировать не только как инструмент католической ортодоксии, но и как тайная полиция государства. Ее мишенью теперь делался всякий, кто покупал, продавал, печатал, распространял, перевозил или просто читал материалы, излагавшие заразные идеи, а также всякий, кто пропагандировал их устно. Революционные книги и памфлеты, ввозившиеся из Франции, Англии или бывших британских колоний в Северной Америке, стали опасной контрабандой. Всякий, имевший отношение к такого рода контрабанде, подлежал преследованию. Как обнаружили правительства в нашем столетии, достаточно трудно пресечь контрабанду алкоголя, табака, наркотиков и порнографии. Подавить же распространение идей в конечном счете невозможно. Сверх того, к 1810 году инквизиция в Мексике была отрезана от своего верховного органа в Испании, поскольку Испания теперь находилась под наполеоновским игом, а инквизиция в ней была распущена. Поэтому, когда в Мексике началось восстание, власти не имели ресурсов для его подавления и больше не могли надеяться на поддержку со стороны метрополии. И даже роялисты в Мексике стали проявлять к инквизиции такую же враждебность, как и революционные силы. В 1813 году наполеоновское запрещение инквизиции в Испании было подтверждено восстановленными на престоле Бурбонами. Эта мера распространялась и на испанские колонии за границей, включая Мексику, которая к тому времени уже и сама была втянута в борьбу за независимость. Когда волна революции захлестнула всю Латинскую Америку, администрация в Мексике экспроприировала всю принадлежавшую инквизиции собственность. В ее застенках не было обнаружено никаких заключенных. Двери ее дворцов распахнули для народа, который «дал выход своей ненависти».
В январе 1815 года инквизиция была временно восстановлена в Мексике, когда власть в стране на короткое время перешла к роялистам. Имущество трибунала было возвращено, однако от его прежнего богатства осталось всего 773 песо и голые стены без мебели. В 1817 году состоялся последний процесс – над человеком, обвиненным в чтении запрещенных книг. Затем, в 1820 году, когда Мексика добилась независимости от Испании, инквизиция была окончательно и бесповоротно запрещена.
ЛимаУчрежденная в 1571 году, инквизиция в Мексике распространяла свою юрисдикцию на Центральную Америку, на испанские владения в Северной Америке и – по другую сторону Тихого океана – на испанский доминион Филиппины. Двумя годами раньше, в 1569 году, инквизитор прибыл в Перу, и в 1570 году в Лиме был учрежден отдельный трибунал. Его юрисдикция простиралась к югу до Чили и Аргентины и, по крайней мере в течение некоторого времени, к северу до Колумбии, Венесуэлы и Карибских островов.