Чуть позже, 29 марта, с участим ФАКК и Росохранкультуры, областных думцев и Союза музеев России было проведено совещание в департаменте культуры и искусства Костромской области. Здесь было принято решение в срок до 1 мая завершить работу по выявлению в фондах предметов, исторически происходящих из Ипатия, и предоставить Роскультуре документы для оформления разрешения на их передачу в безвозмездное пользование Епархиальному музею. При этом в основание сделки должно было лечь Постановление № 490 2001 г. о передаче «в бессрочное и безвозмездное пользование», а не музейный режим временного хранения. Таким образом, на государственном уровне планировался антиправовой акт, нарушающий нерасчленимость государственной части музейного фонда, поскольку состояние «бессрочного и безвозмездного» практически исключало как контроль специалистов за состоянием реликвий, так и возможность их возвращения. Именно к этому событию спешно и изготовлялась новая редакция Устава Епархиального музея от 5 апреля. Тем временем епархия заявила о разработке программы по экспонированию ценностей Ипатьевского монастыря. На его территории предполагалось организовать четыре постоянно действующие экспозиции, посвященные истории самой обители, истории Дома Романовых, чудотворной Феодоровской иконе Богородицы и российским Новомученикам. Экскурсии планировалось поручить монахам, прошедшим специальную подготовку.
Печальный инцидент произошел летом 2005 г. во время подготовки Костромским музеем выставки «От царя до императора» в Брюсселе. Туда предполагалось направить 14 принадлежавших музею-заповеднику предметов, часть из которых находились в экспозиции ризницы собора, уже переданного епархии. Вопрос об их экспонировании обсуждался на уровне губернатора и архиерея, они, как и архимандрит Иоанн, дали свое согласие. Однако в момент непосредственной упаковки реликвий, когда за ними приехали из Москвы специалисты и охранники «Росизо», наместник воспрепятствовал этому, требуя немедленного подписания акта о передаче этих вещей во временное хранение монастырю. Даже если у епархии существовали страхи, что эти предметы могут не вернуться в монастырь, все происшедшее выглядело крайне некрасиво. Впрочем, здесь стоит вспомнить слова архимандрита, произнесенные им для прессы в декабре 2004 г. На вопрос «Как вы будете делить с музеем фонды?» наместник категорически ответил: «Никто не допустит, чтобы из монастыря выносилось его древнее имущество».
Особая роль в истории Ипатьевского монастыря принадлежала Наталье Павличковой, директору Костромского художественного музея, представлявшей Кострому в общероссийском Союзе музеев. Она никогда не поддерживала музей в отстаивании его прав и не подписывала писем в его защиту. Все это время директор сохраняла «особые» отношения с Костромской епархией, возможно, в состоянии определенного ангажемента. Она и получила главный приз: с 1 ноября 2005 г. Краеведческий и Художественный музеи должны были объединиться под одной, ее, крышей. 10 августа администрация области приняла Постановление «О реорганизации Костромского художественного музея путем присоединения к нему Историко-архитектурного музея-заповедника». В преддверии чаемого объединения директриса, организовав комиссию из собственных сотрудников, провела «кастинг» для бывших музейщиков Ипатия. Многие высококлассные специалисты, проработавшие в Музее по 20–30 лет, справедливо расценили такого рода собеседования как унижение и отказались «реорганизовываться». В результате основной урон понесли провинциальные музеи Костромской области, являвшиеся филиалами Краеведческого музея-заповедника, из музея ушли квалифицированные сотрудники, научная и фондовая работа были прерваны.
Не лучшим образом сложились и отношения между Епархиальным и Краеведческим музеями. Епархия сразу же начала эксплуатировать не ею созданные экспозиции ризницы и палат бояр Романовых, получая за это «пожертвования». Профессиональный контроль над ее деятельностью оказался невозможен. Рядовые сотрудники, прежде всего технический персонал, уверены, что в церковном музее им стало лучше в финансовом отношении: смотрители стали получать 1400 рублей, сотрудники – более 3000. Из 52 научных сотрудников в монастыре остались лишь 5, по мнению самого архимандрита, не самые лучшие. Среди них Светлана Виноградова, ставшая главным хранителем церковного музея. Архимандрит Иоанн рассчитывал прежде всего на помощь в организации музейного дела со стороны Центрального музея древнерусского искусства прп. Андрея Рублева, музеев Московского Кремля, Государственного исторического музея и Реставрационного центра имени Игоря Грабаря.