На фоне этих событий 24 июня 1997 г. было принято Постановление правительства № П16-772 о совместном использовании храма. Оно однозначно трактовалось приходом в свою пользу. В том же году музей обвиняет общину в попытке самозахвата храма. После этого вновь возобновляются переговоры о совместном использовании нижней церкви на основе предложений прихода от 16 июля 1997 г. В ответном письме директора музея Геннадия Попова иерею Борису Михайлову от 29 сентября 1997 г. одним из главных вопросов становится не столько проблема сохранения памятника, сколько ситуация с разделом «бремени содержания».
10 марта 1998 г. патриарх Алексий (Ридигер) вновь обращается в Правительство с просьбой передать храм и предлагает свой уже готовый проект решения по данному вопросу. К этому времени противостояние прихода и музея вновь нарастает. Община 21 марта 1998 г. составляет акт о съемках в помещении храма игрового фильма для корейского телевидения с «ряженым актером» в роли священника. В июне-июле 1998 г. патриарх пытался добиться передачи храма через министра культуры Наталью Дементьеву и просил ее дать гарантии общине «в беспрепятственном совершении всей полноты храмового богослужения».
Еще в январе 1999 г. в руках общины появился козырь в противостоянии с музеем. Лаборатория музейной климатологии Государственного научно-исследовательского института реставрации провела исследования по температурно-влажностному режиму в Филевском храме. Были отмечены проблемы в содержании музеем верхнего храма, связанные с отсутствием вытяжки и плохо подогнанными деревянными рамами окон. В рекомендациях отмечалось, что в верхней церкви должны строго соблюдаться все правила эксплуатации неотапливаемых церковных зданий, предусматривающие консервацию на зимний период, проветривание по специальной методике и ограничение посещаемости. Община поспешила заявить о «неквалифицированном хранении» памятника музеем. Впрочем, кое-что касалось и общины. Отсутствие вентиляции в нижнем храме негативно сказывалось на состоянии сакрального пространства как при открытии выставок, так и при проведении молебнов.
Однако в Министерстве происходит смена руководства. 26 мая 1999 г. и 21 июня 1999 г. издаются приказы о подготовке нижнего храма к службам. 21 октября 1999 г. новый министр Владимир Егоров в письме патриарху выражает готовность к совместному использованию храма и поручает курировать проект соглашения В. Виноградову из департамента культурного наследия Министерства. Основные работы по так и не подписанному соглашению развернулись осенью 1999 г. К 30 сентября его проект вручен иерею Борису Михайлову. Однако еще 10 сентября 1999 г. прошло заседание научно-методического совета, на котором предлагалось освободить алтарь нижней церкви и продолжить изучение вопросов осуществления здесь музейной деятельности с учетом интересов прихода. Заключение допускало возможность строительства деревянного храма в стиле XVII в. в непосредственной близости от Покровской церкви на территории музея. В результате в 2000 г. был построен не храм, а новый приходской дом.
В конце 1999 г. патриарх Алексий (Ридигер) вновь обратился к вице-премьеру Валентине Матвиенко по вопросу передачи храма. Ответ был двояким. Минимущества 26 января 2000 г. закрепило права на оперативное управление Покровской церковью за музеем, который являлся особо ценным объектом культурного наследия народов России. Это не предполагало перепрофилирование входящих в его состав объектов и исключало возможность передачи нижнего храма в пользование общине. Решение вызвало гнев патриарха, который вновь обратился к В. Матвиенко. 22 февраля вице-премьер поручила Минкультуры и Минимущества в десятидневный срок согласовать проект распоряжения Правительства, который обсуждался на совещании 2 марта у заместителя министра имуществ Н. Гусева. В результате 28 марта 2000 г. правительство издало новое распоряжение № 464-р о совместном использовании храма. В храме начались периодические службы.
Однако такая ситуация не устраивала патриархию. 29 марта 2004 г. патриарх Алексий (Ридигер) принимал у себя в резиденции нового министра культуры А. Соколова. На пресс-конференции патриарх сообщил, что во время встречи поднимался вопрос о передаче приходу храма в Филях, а министр обещал способствовать решению этого вопроса «на следующем этапе». Но приход должен был смениться. Полной неожиданностью для общественности стали следующие слова патриарха: «В передаче этого храма также проявил заинтересованность Таможенный комитет, так как фасад комплекса зданий этого ведомства выходит на храм Покрова в Филях. И сотрудники Комитета желали бы видеть этот храм своим приходским храмом».