3 ноября патриарх подписал письмо мэру Ю. Лужкову в достаточно резких выражениях: «Конфликтная ситуация между директором и приходом вынуждает просить Вас об оказании незамедлительной помощи по передаче общине здания храма, колокольни, а также строения, необходимого для нужд причта». Елене Ерицян приписывался стиль командно-административного вмешательства в дела прихода, заключающийся в ограничении числа богослужений и количества свечей, запрете на требы и внесение в храм дополнительной литургической утвари. Поскольку ключевое хозяйство оставалось у музея, то «двери открываются и закрываются с подчеркнутым недоверием к клиру». Предстоящий ремонт вызовет прекращение богослужений на длительный срок. Патриарх предлагал решить проблему по образцу Царицыно и Останкино, где часть строений и земля были закреплены за приходами, что исключило возможность дальнейшего конфликта с музеем.
29 декабря московский мэр в ответном письме справедливо указывал московскому епископу, что домовая церковь никогда не была приходской и что не стоит разрушать целостность ансамбля. Выход из ситуации был связан с заключением соглашения о совместном использовании храма на основе патриаршего указа 2000 г. о службах в воскресные и праздничные дни. 5 апреля 2005 г. патриарх вновь пишет мэру. Как и в прошлый раз, письмо было составлено самим Борисом Токаревым или его окружением. Здесь вопреки фактам утверждалось, что храм был приходским, а в общую храмовую площадь, доведенную до 110 кв. метров, включалось и пространство алтаря. На самом деле эта площадь составляла 53 кв. метра. К тому же патриарх сообщал, что в 2002 г. он якобы издал новый указ о совершении в храме всех чередных богослужений и треб, который, однако, остался неизвестен музею.
К этому времени, 21 января 2005 г., Управление пожарной охраны МЧС уже указало дирекции музея на грубые нарушения правил пожарной безопасности при проведении служб протоиереем Б. Токаревым и запретило богослужения в храме. 30 марта 2005 г. Е. Ерицян сообщила в Комитет по культуре Москвы о самоуправстве прихода, грубо нарушающего музейные правила: 20 марта протоиерей с сотрудниками взломал и открыл западную дверь церкви, впустив внутрь дополнительно более 100 человек. Общиной было предпринято неоправданное изменение интерьера храма – безвкусные коврики и полотенца превратили усадебную церковь в провинциальную божницу; в адрес музейных сотрудников раздавались оскорбления и угрозы. 29 апреля музейный коллектив обратился к патриарху с просьбой вмешаться в ситуацию. В письме сообщалось о недостойном поведении протоиерея Бориса Токарева, об отсутствии нормальной приходской жизни и общинного самоуправления, об использовании храма в целях личного обогащения и о дестабилизации работы музея в результате этих действий. Все обращения были оставлены патриархом Алексием (Ридигером) без ответа.
Одновременно вскрылись правовые нарушения, касающиеся регистрации общины 31 мая 1999 г. на юридический адрес музея без его согласия, а 31 августа 2001 г. Москва зарегистрировала права собственности на усадебный храм, несмотря на то, что он принадлежал Федерации. Тем временем в начале 2005 г. протоиерей Б. Токарев подал в федеральное агентство документы на передачу храма в безвозмездное пользование приходу. Замруководителя Росимущества Д. Аратский дважды, 14 февраля и 18 апреля 2005 г., писал в Роскультуру, требуя согласования передачи. ФАКК отказывалось согласовывать это деяние, так как не было целого ряда необходимых документов, в частности, согласия музея, заключения органа охраны о возможности передачи, проекта охранного договора и акта технического состоянии памятника. Отсутствие такого количества необходимых бумаг наглядно демонстрировало, как агентство относится к подготовке документов. Однако Росимущество настаивало на незаконности пребывания московского музейного учреждения на федеральном памятнике. В письме были четко расписаны ролевые функции агентств: Росимущество решает вопрос принципиально и рассматривает соответствие документов требованиям законодательства, а за Роскультурой остается обязанность согласования решений, принятых Росимуществом. Повторялась история с Ипатьевским монастырем в Костроме, однако московский музей, в отличие от провинциального, было не так-то просто выкинуть из занимаемых помещений. Конфликт усадьбы Кусково с усадьбой Офросимовых, где с 1943 г. располагается патриархия, вошел в затяжную стадию. Для его решения, судя по всему, была привлечена и Счетная палата РФ, которая в апреле 2007 г. завершила проверку музея, выявив, по сообщениям в прессе, ряд финансовых нарушений со стороны директора. Елена Ерицян продолжает оставаться директором усадьбы, однако о продолжении музейно-приходского конфликта более не слышно.