В последнее время, после назначения 21 июля 2009 г. епископа Зарайского Меркурия (Иванова) новым председателем Отдела религиозного образованию и катехизации, активность патриархии по поводу освобождения территории монастыря усилилась. Соседство не соответствовало амбициям нового начальника, который в сентябре объявил о скором возобновлении здесь монашеской жизни. 13 ноября 2009 г. патриарх Кирилл (Гундяев) обратился с письмом к Ю. М. Лужкову, где попросил освободить территорию Высоко-Петровского монастыря. Эта тема также была затронута на встрече патриарха и премьера 5 января 2010 г., однако ее тональность позволяет надеяться, что передача зданий монастырю будет решена без спешки и с учетом заинтересованности музея в новых помещениях.
Среди современных проблем церковной Москвы, отмеченных авторами доклада «Московское архитектурное наследие: точка невозврата» – храм Ризоположения на Донской улице, построенной в 1701–1717 гг., где старые оконные рамы заменены стеклопакетами, а старинная роспись искажена и переделана в соответствии с современными вкусами; еще – церковь свт. Николы в Подкопаеве тоже XVIII в., на территории которой настоятель воздвиг монументальную постройку, а храмовые стены попытался украсить майоликой в стиле XVII в. Озабоченность вызывает и грамотность реставрации церкви свт. Климента 1750–1760 гг., начавшейся в 2008 г. Дополнительно к тому, по заключению специалистов, нынешний строительный бум лишает храмы их традиционного окружения. Так, в 2007 г. Росохранкультура выявила существенные нарушения при реставрации Марфо-Мариинской обители.
Большой общественный резонанс вызвало выселение Российского государственного гуманитарного университета из помещений Заиконоспасского монастыря на Никольской улице в апреле-августе 2008 г. и передача их патриархии.
Проблемы возникли и при реставрации храма Всех Святых на Кулишках (XVI–XIX вв.), где в 2008 г. были начаты работы по полной замене фундаментов храма (вместо их усиления), поскольку разбираемые первоначальные конструкции являются неотъемлемым элементом комплекса объекта культурного наследия. Однако летом 2009 г. здесь продолжали разбирать белокаменные полы с включенными в них саркофагами XVII в., а внутри всех помещений подземного яруса вычерпывался культурный слой с деталями кладки и остатками некрополя XVI–XVII в. В результате 10 июля 2009 г. главный специалист московского отделения ВООПИиК по работе с памятниками истории и культуры В. К. Фатеев и общественные инспекторы В. И. Евграфов и Н. Э. Морозов составили акт, в котором отмечалось, что памятнику архитектуры нанесен очевидный ущерб.
По-разному складывается ситуация в монастырях Московской епархии, расположенных в памятниках культуры и музеях-заповедниках. В Ново-Иерусалимском монастыре монастырская жизнь была возобновлена синодальным решением 18 июля 1994 г. Наместником монастыря стал архимандрит Никита (Латушко). 9 октября 1995 г. было подписано распоряжение Правительства № 1380-р о поэтапной передаче зданий патриархии. Минкульту было предписано в трехмесячный срок передать ставропигиальному монастырю Воскресенский собор, Гефсиманский скит, церковь Рождества Христова и восточный братский корпус, предусмотрев порядок и условия использования храма для показа их как памятников искусства. В результате в 2006 г. музей проводил экскурсии по предварительной договоренности с монастырем в пустом и заброшенном соборе. На фоне этого запустения пощелкивание ультразвуковой охранной системы, призванной отпугивать птиц, выглядит особенно зловеще.
Основные службы совершаются немногочисленной братией в Успенском приделе собора и храме свв. Константина и Елены. Дополнительно для проведения богослужений монастырю была предоставлена Богоявленская церковь 1730 г. из подмосковного села Семеновское, которая располагалась на территории Музея деревянного зодчества. 3 сентября 2000 г. храм сгорел в результате то ли короткого замыкания, то ли неосторожного обращения с огнем. 14 июля 1996 г. были подписаны требуемые документы по передаче Воскресенского собора и акт технического состояния храма. В этих условиях было необходимо создать новую концепцию и программу его консервации и реставрации, тем более что с апреля 1996 г. со стороны Комитета по культуре и туризму Московской области было прекращено финансирование работ. Из-за отсутствия цельной концепции в соборе вместо реставрации начались эксперименты по раскраске стен и сводов по личным указаниям архимандрита, отражавшим провинциально-белорусские вкусы. В августе 1998 г. работы в Гефсиманской часовне сопровождались уничтожением фрагментов живописи местных иконописцев Строевых, созданной в 1870-е гг. 21–25 августа 1998 г. ТОО «Вертикаль» произвела разбор настила большой главы Воскресенского собора и консервационного короба над первым ярусом колокольни. В результате, поскольку не были выполнены указания реставраторов, открылась аварийная часть свода, грозившая обрушением. После дождя 1 сентября фрагмент свода рухнул и частично повредил изразцовый иконостас XVII в.