Одновременно обострился конфликт вокруг церкви Троицы в Никитниках (1631–1634), где сохранились росписи Симона Ушакова. Приход был зарегистрирован 23 июня 1999 г., однако распоряжением Минимущества № 223-р от 17 июля 2000 г. сам храм был передан в оперативное управление Государственному Историческому музею. 25 февраля 2000 г. расширенное совещание по вопросам реставрации здания отметило, что оно находится в состоянии прогрессирующего разрушения, создающем угрозу для прихожан. Было решено, что после завершения реставрации храм может быть использован для музейного показа и разовых богослужений по образцу соборов Московского Кремля. Однако 20 сентября 2000 г. реставрационная комиссия отметила, что ситуация продолжает усугубляться регулярным проведением богослужений, разрешенных директором ГИМа и не санкционированных никаким соглашением, а в Никольском северном приделе сделан склад бытовых предметов. Реставрация иконостаса была признана возможной только при демонтаже икон.
17 сентября 2001 г. протоиерей Арсений Тотев подписал с музеем договор о совместном использовании храма. За ГИМом оставались контроль и меры по обеспечению сохранности памятника, а также коммунальные расходы и определение порядка реставрационных работ. Приходу в безвозмездное пользование для проведения богослужений предоставлялся основной объем храма по выходным дням и церковным праздникам. Помещение северной пристройки передавалось общине для служебных нужд с возможностью впоследствии пробить здесь дверной проем после согласования с московским Управлением по охране памятников. Однако фактически директор музея Александр Шкурко дал настоятелю устное разрешение на проведение служб, не ограниченных графиком, на что и было указано реставрационной комиссией в 2000 г. Договор лишь фиксировал установившийся порядок вещей.
8 февраля 2002 г. рабочая группа Федерального научно-методического совета отметила, что еще в 1996 г. церковь была закрыта для посещения в связи с ее аварийным состоянием. В нарушение всех норм музей подписал договор с общиной о проведении здесь богослужений, которые и проводятся 15–20 раз в месяц при большом стечении народа. Был выявлен очаг разрушения на своде алтаря и юго-восточного придела площадью до 5 кв. метров, а также налет копоти из-за парафиновых свечей. Иконостасы шатались и создавали угрозу людям во время богослужения. Были зафиксированы сколы и повреждения в нижней части стен по всему периметру храма. Ликвидация штата смотрителей во время богослужений привела к отсутствию контроля и нарушению правил музейного хранения.
Ситуация с бедственным состоянием святыни продолжала осложняться, а община всячески препятствовала проведению здесь спасительных мероприятий. Утром 20 июня 2006 г. приход во главе с настоятелем устроил «молитвенный пикет» против разборки иконостаса с целью его реставрации. К пикету были подготовлены плакаты: «Уважаемые искусствоведы, где ваша совесть!»; «Сейчас не 1917 год»; «Разоряя храм, разоряем Россию». Между тем договор, подписанный самим протоиереем Арсением Тотевым в 2000 г., предусматривал, что музей осуществляет меры по обеспечению сохранности интерьеров, а приход обязуется не препятствовать проведению необходимой работы (пункт 2.10). Под давлением событий директор музея А. Шкурко заявил, что музей не намерен изымать иконы до официального решения вопроса о передаче храмового здания общине и о судьбе самих образов как входящих в государственную часть музейного фонда России.
Острый конфликт из-за храма Троицы в Никитниках сменился для ГИМа тревожной неизвестностью судьбы Новодевичьего монастыря, в котором располагался филиал музея. Первая информация о возможной передаче комплекса, подготовке соответствующего решения и условий его реализации появилась еще в 2007 г. Процесс затянулся на три года, и окончательное решение было принято лишь в декабре 2009 г. – в связи с передачей монастырского комплекса в казну РФ. Однако официально о нем было объявлено только на встрече премьер-министра РФ В. В. Путина и патриарха Кирилла (Гундяева) 5 января 2010 г.: в течение 2010 г. монастырь будет передан Московской епархии. По всей вероятности, окончательно были решены не все вопросы, о чем свидетельствует стенограмма встречи: «Святейший Патриарх Кирилл: Тоже были волнения по поводу судьбы иконостаса. А. А. Авдеев: Да, я на днях встречался с владыкой Ювеналием и дал ему слово, что все будет в порядке. Новодевичий монастырь будет иметь то, что он должен иметь по праву. Как и в Старочеркасске»[317]
.Очевидно, речь шла об иконостасе Смоленского собора, иконы которого имели серебряные вызолоченные басменные оклады, а образа местного ряда – драгоценные оклады с каменьями и жемчугами.