Проблемы сохранения церковных памятников, переданных патриархии в 2003–2004 гг., постепенно стали преобладать над вопросами, связанными с передачей их религиозным организациям. Однако эти проблемы не были исключительно церковными – в православной среде они лишь обретали свою специфичность. Разрушение и приспособление памятников приходами и монастырями в значительной мере были следствием общественного равнодушия и прагматизма в отношении собственной истории и культуры. Аналитический доклад Счетной палаты в 2003 г. охарактеризовал состояние объектов культурного наследия, принадлежавших государству, как неудовлетворительное. Значительная часть памятников нуждается в принятии срочных мер по спасению их от разрушения, повреждения и даже уничтожения. Нормативные правовые акты для урегулирования правовых отношений в области сохранения, владения, пользования, распоряжения и государственной охраны памятников истории и культуры оставались неразработанными, а существующие инструкции не соблюдались. Официальные документы 34 особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации, в том числе по Троице-Сергиевой лавре, не были утверждены в установленном порядке.
В 2005 г. Счетная палата предъявила отчет о результатах проверки исполнения законодательства при использовании объектов исторического и культурного наследия федерального значения и распоряжении ими в период 1992–2002 гг. в Москве и Санкт-Петербурге. В качестве одного из основных чиновных нарушений были отмечены снос и изменение памятников, в том числе и в виде их «воссоздания» из современных материалов. Не были приняты меры по созданию нормативноправовой базы государственной охраны объектов культурного наследия и формированию единой структуры органов государственной власти и подведомственных организаций, осуществляющих мероприятия по государственной охране объектов культурного наследия федерального значения. К тому же созданное Минимуществом и Минкультуры агентство по управлению и использованию памятников истории и культуры не являлось государственным органом исполнительной власти и не было уполномочено принимать решения в области государственной охраны объектов культурного наследия.
Однако факт существования серьезных проблем, связанных с охраной и реставрацией используемых патриархией памятников, получил официальное признание, по крайней мере, в Москве. 17 апреля 2003 г. здесь была создана межведомственная комиссии по объектам культового назначения, подлежащим ремонту и реставрации. Этому предшествовал скандал, вызванный уничтожением четырех колонн нижнего яруса Монетного двора в охранной зоне Кремля при строительстве церковной лавки Казанского собора, которые помощник старосты прихода Иван Шинкарев посчитал «новоделами 1994 г.». Решение о строительстве-«воссоздании» церковной лавки в виде нового двухэтажного магазинчика вместо прежнего маленького киоска общей площадью 235 кв. м. в формах XIX в. было принято еще в декабре 2001 г., хотя весь ансамбль проекта собора претендовал на XVII в. Впрочем, 27 ноября 2003 г. патриарх Алексий (Ридигер), отвечая на вопросы преподавателей и студентов Российской академии государственной службы, утверждал, что все ремонтные или восстановительные работы патриархия проводит только при согласовании с управлением по охране памятников и с Министерством культуры. Что было отчасти справедливо – многие разрушения и искажения церковных памятников были согласованы именно этими органами.
Тогда же было заявлено, что в России найден компромиссный вариант решения конфликтной ситуации между музеями и церковью. Речь шла об открытии в храме Христа-Спасителя в Москве выставки 94 предметов Патриаршей коллекции, представлявшей древнейшие памятники христианского искусства IV–XlX вв. [259]
Однако ее предыстория была окутана тайнами. 12 миллионов долларов для ее приобретения выделил премьер-министр Виктор Черномырдин еще в 1998 г., а в 2000 г., несмотря на обещания патриархии, она так и не была продемонстрирована общественности [260]. Своеобразным эхом этого сообщения прозвучали известия о серии очередных церковно-музейных конфликтов. В феврале 2003 г. вновь появились слухи о возможном закрытии музея Андрея Рублева в связи с проектом оптимизации сети учреждений министерства культуры. Из документа следовало, что коллекция музея могла быть передана Третьяковской галерее, а сам Спасо-Андроников монастырь – в ведение патриархии. В августе появилась информация, что Димитриевский собор во Владимире, после археологических и реставрационных работ, вероятно, не будет возвращен патриархии, как об этом сообщалось ранее. В ноябре 2003 г. стало известно о конфликте между Ставропольской епархией и музеем-заповедником в Карачаево-Черкесии из-за древних храмов в районе поселка Нижний Архыз.Однако самый вопиющий случай произошел в Мартириево-Зеленецком монастыре в Ленинградской области (настоятель игумен Пахомий (Трегулов), правящий архиерей – митрополит Владимир (Котляров)).