Одновременно проявились попытки контроля патриархии за туристическим потоком к культовым местам. Еще весной 2003 г. Межрелигиозный совет России решил, что паломничество не относится к туристической деятельности, и внес соответствующее предложение о законодательном разграничении этих понятий в Госдуму. В октябре-ноябре 2004 г. представители ОВЦС митрополит Смоленский Кирилл (Гундяев) и его заместитель епископ Егорьевский Марк (Головков) вновь вернулись к этой идее. 12 октября 2005 г. Межрелигиозный совет принял решение внести в Госдуму поправки к Закону «Об основах туристической деятельности в РФ». При этом предполагалось, что паломнические центры, как некоммерческие структуры, должны быть освобождены от налогов. Характерно, что в 2004–2005 гг. крупнейшие монастырские островные комплексы – Валаам и Соловки – либо подписали документы о координации своей деятельности в сфере приема паломников и туристов с соответствующими музеями, либо обратились к властям с призывом административно ограничить поток «диких» туристов цифрами, примерно соответствующими числу посещающих остров по линии паломнических служб.
На этом фоне события 2005 г. в Ярославле и Рязани, связанные с требованием предоставить в пользование местным епархиям храма св. Ильи-пророка и Рязанского кремля как «духовно-административного центра», вызвали неожиданный всплеск общественной напряженности. После того как Комиссия Минкульта сочла ярославскую инициативу нецелесообразной, губернатор Анатолий Лисицын заявил, что подготовил обращение к Президенту с просьбой оказать содействие в передаче Ильинского храма, и почти одновременно выступил с предложением провести общероссийскую акцию по передаче патриархии икон и церковной утвари, хранящейся в музеях. Инициатива, поддержанная патриархией, вновь обвинившей музейщиков в «укрывательстве краденого», вызвала ряд резких откликов в прессе. Вениамин Архангельский, директор Нижегородского государственного историко-архитектурного музея-заповедника, сообщил, что в 1991–1992 гг. из музея в храмы было передано около 1500 икон, и теперь епархия не всегда может ответить, где они находятся. В качестве положительного примера он привел факт передачи образа прп. Макария Желтоводского, написанного в 1661 г. Симоном Ушаковым. Передача состоялась, только когда епархия выполнила все необходимые условия, и в Макарьевском монастыре фактически был создан небольшой музей одной иконы. Кроме руководителя Третьяковской галереи Валентина Родионова в адрес инициативы критически отозвалась гендиректор Владимиро-Суздальского музея-заповедника Алиса Аксенова. Она сообщила, что в 1990-е гг. Музей передал в церкви и монастыри 726 предметов церковного обихода XVI–XX вв., в том числе 183 иконы. Спустя несколько лет выяснить судьбу большинства икон и утвари оказалось невозможным, так как в епархии нет установленного порядка учета икон.
Подобные конфликты оказались связаны со сменой поколений епископата и с восшествием на кафедры новых амбициозных архиереев, действия которых разрушали не только сложившийся порядок вещей. Кроме Ярославля и Рязани, сходные оказались характерны для Брянска, Саратова, Перми и Ставрополя. Еще в ноябре 2003 г. стало известно о конфликте между епархией и музеем-заповедником в Карачаево-Черкесии из-за древних аланских храмов середины X в. в районе поселка Нижний Архыз. Только что назначенный сюда епископ Ставропольский и Владикавказский Феофан (Ашурков) предложил передать их епархии. В одном из храмов местный приход уже совершал литургию с согласия дирекции музея. Однако возможность тотального контроля над заповедником со стороны епархии вызвала беспокойство общественности, которая начала собирать подписи под обращением к главе республики с требованием не передавать храмы патриархии.
Подобным образом изменилась ситуация и в Калининградской епархии в 2009 г., после того как ее глава стал патриархом Московским и всея Руси, оставив непосредственно за собой управление бывшей вотчиной. Уже в мае того же года он лично обратился к премьер-министру Владимиру Путину с просьбой передать РПЦ местный «кафедральный собор» – ныне музей, некогда протестантскую кирху, а еще ранее – католический костел. В сентябре список расширился: сюда попали не только несколько разбросанных по области кирх, но и здания кукольного театра и симфонического оркестра, также относящиеся к бывшей «протестантской недвижимости», а еще – ряд средневековых замков крестоносцев, в частности Георгенбург, «недвижимость католическая».