Вся эта суета могла быть объяснена лишь одним: в мае 2006 г. в Сан-Франциско должен был состояться Всезарубежный Православный собор, призванный одобрить будущее воссоединение и утвердить акт о каноническом общении. Буквально накануне Собора в Курске произошло неожиданное. В ночь с 30 апреля на 1 мая из Знаменского кафедрального собора был украден список с чудотворного образа. В похищении подозревался работник храма. 10 июня икона была найдена правоохранительными органами. 21 июня министр внутренних дел РФ Рашид Нургалиев передал патриарху Алексию (Ридигеру) возвращенную икону. Одним из результатов подписания межцерковного акта в Москве в 2007 г. стал привоз Курской иконы в Россию новым предстоятелем заграничной Церкви Илларионом (Капралом) 14 сентября 2009 г. Большую часть времени икона провела в Москве, в храме Христа-Спасителя, но 23–25 сентября была отвезена в Курск – в Коренную пустынь, где прошли основные торжества.
Внешняя политика готова повлиять и на судьбу других святынь Российского Православия. В преддверии перенесения праха императрицы Марии Федоровны (1847–1928) 26–28 сентября 2006 г. в Петербург министр культуры Александр Соколов упомянул о возможном изменении статуса Петропавловского собора, который может стать одновременно и музеем и храмом. Еще в 2005 г. эфемерный соборный приход обратился к Президенту с просьбой вернуть храм епархии. В обращении говорилось, что усыпальница императоров «незаконно эксплуатируется администрацией Санкт-Петербурга, хотя является федеральной собственностью», а поток экскурсий, приходящих посмотреть на останки династии Романовых, рассматривался как «мировой позор».
Если «спецсвятыни», предназначенные для спецопераций, находились в зоне особой заботы, то на остальные церковь и общество традиционно не обращали внимания. В январе 2006 г. разразился скандал, связанный с Успенским собором в Туле (правящий архиерей – архиепископ Алексий (Кутепов)). Этот холодный храм был предназначен только для летних служб. Проведение богослужений в условиях необычно жестоких морозов привело к многочисленным трещинам штукатурки и разрушению фресок…
Отношение к подобным явлением тех, кто должен был непосредственно следить за сохранностью памятников церковной старины, нельзя охарактеризовать иначе как противоречивое. Система госорганов охраны памятников, созданная в 2004 г., претерпела с того момента существенные изменения, однако в целом ситуация не изменилась. В рамках проведения административной реформы, согласно президентскому указу 12 марта 2007 г. № 320 «О Федеральной службе по надзору в сфере массовых коммуникаций, связи и охраны культурного наследия» Росохранкультура и Россвязьнадзор, подчинявшийся Ранее Мининформсвязи, были объединены. Новая служба напрямую подчиняется правительству РФ. Если Россвязьохранкультуру возглавил бывший «культурист» Борис Боярсков – из питерских «чекистов», то в остальном победили «связисты». Реформа показала, что охрана памятников в России не относится к числу государственных приоритетов, гораздо важнее оказался вопрос лицензирования СМИ.
Уже результате очередной реформы после выборов президента Дмитрия Медведева премьер-министр РФ Владимир Путин вновь изменил схему руководства культурой. ФАКК Михаила Швыдкого, традиционно обвиняемое в коррупции, было упразднено, а охранные функции были вновь сосредоточены в Росохранкультуре, созданной 12 мая 2008 г. и подчиненной непосредственно Министерству культуры, во главе которого встал бывший посол РФ во Франции Александр Авдеев. Федеральную службу возглавил музейщик и униформист Александр Кибовский. Естественно, многочисленные перекройки системы охраны памятников не способствовали их сохранности. Так, новый Экспертный совет по охране культурного наследия в составе трех секций – археологического наследия, достопримечательных мест и градостроительства и памятников истории и культуры – был создан лишь 12 февраля 2009 г.