Начатое в ноябре новый Президент РФ Дмитрий Медведев завершил 30 июня 2008 г., передав патриарху во время проведения очередного Архиерейского собора целый ряд ковчегов-мощевиков из Московского Кремля – в присутствии почетного караула Президентского полка. Всего было передано 9 реликвий: риза Божией Матери в уникальном ковчеге работы иранских мастеров XVIII в., гвоздь от Креста Господня, частицы мощей св. Иоанна Крестителя, св. равноап. кн. Владимира, свтт. Григория Богослова и Василия Великого, вмч. Феодора Стратилата и др. Вещи были переданы без отчуждения из музейного фонда, что должно гарантировать возможность контроля за их состоянием, однако никаких практических механизмов для осуществления подобного контроля на «территории Церкви», экстерриториальной по отношению к государству, не существует. О том, что эти реликвии так и не обрели достойного места в интерьере Успенского и Благовещенского соборов, где бы они стали доступны и почитанию и осмотру, можно только сожалеть: единый культурный комплекс, способствующий правильному пониманию российской истории, оказался разрушен. Равно достойно сожаления то, что святыни, идейно связанные с местопребыванием верховной российской власти, попали в аляповатый интерьер храма Христа Спасителя. Специалисты не раз вспоминали по этому поводу, что собрание реликвий императоров Священной Римской империи до сих пор пребывает в венской Штаатскамер…
Однако не все передачи проходили столь мирно. 19 декабря 2007 г. во время визита патриарха Алексия (Ридигера) в Николо-Угрешский монастырь директор Московского государственного объединенного музея-заповедника «Коломенское» Людмила Колесникова передала в дар обители икону-мощевик и складень середины XIX в, которые ранее достоверно принадлежали старообрядческой общине. Это вызвало возмущение некоторых руководящих органов «ревнителей старой веры» и требование «возврата церковных святынь их законным владельцам».
После громкого скандала подобные передачи стали совершаться с оглядкой. 6 ноября 2008 г. Федеральная таможенная служба РФ передала главе Русской Православной старообрядческой Церкви митрополиту Корнилию (Титову) 108 икон XVIII–XX вв., конфискованных в Шереметьево. Правда, еще до этого 82 иконы из этой «партии» были переданы РПЦ.
Определенное изменение ситуации, связанное с насыщенностью церковной жизни возвращенными предметами, еще в конце февраля 2007 г. отметил новый директор Санкт-Петербургского государственного музея истории религии Борис Аракчеев, который в одном и своих интервью сказал, что «такой агрессивной позиции: "Отдайте все!", как в начале 1990-х», у РПЦ уже нет. Впрочем, через незначительное время музей был вынужден заключить договора о передаче богослужебных предметов в «безвозмездное пользование» на 3–5 лет Казанскому собору в Санкт-Петербурге (88 предметов) и Вознесенскому собору в Царском селе (75 предметов). Заключение договоров являлось лишь формальным документированием сложившейся ситуации: эти предметы в свое время были отданы в храмы на временное хранение, но так в музей и не вернулись.
Однако не все довольствовались уже имеющимся. 10 декабря 2007 г. секретарь Ярославской епархии направил руководству Угличского государственного историко-архитектурного и художественного музея письмо с требованием в месячный срок освободить здание Спасо-Преображенского собора и передать существующую там коллекцию икон на «ответственное хранение» церкви, одновременно подав на музей в суд. Действительно, еще 29 октября Росимущество заключило с епархией договор об использовании здания, однако музею, естественно, ничего взамен предоставлено не было. Более того, директор музея Валерий Денисов не получал от «федералов» никаких официальных бумаг по этому поводу. Больше того: службы в соборе велись уже начиная с 2004 г., а благотворительные пожертвования делились между собором и музеем поровну. Очевидно, эта равночестность не пришлась протоиерею Александру Шантаеву по душе, и он решил установить в данном деле единоначалие.
Летом 2008 г. по заявлению епархии прокуратура провела проверку и сочла требование о выселении незаконным. По словам председателя комитета историко-архитектурного наследия Ярославской области Юрия Аврутова, вопрос о передаче РПЦ Спасо-Преображенского собора в Угличе находится в стадии обсуждения, поскольку здесь необходимо учитывать интересы музея, которому должны быть предоставлены равноценные площади. Всего же, по его подсчетам, с 2002 г. в Ярославской области патриархии были переданы 277 храмов и 21 монастырь.