Чуть ранее «гидрологических раскопок» Пашкина на месте строительства провел разведку доктор исторических наук археолог Петр Гайдуков. В его заключении от 17 августа 2001 г. говорилось о перспективности и необходимости проведения на месте методически грамотных раскопок. Более того, в ходе работ 2—11 августа было найдено несколько уникальных предметов, в том числе берестяная грамота № 917, где читались слова «Григория калики». Как всегда, господствующая в некоторых церковных кругах «теория заговора» сыграла с епархией злую шутку: архиепископ публично заявил, что грамоту в раскоп «подбросили» сами археологи, дабы доказать необходимость исследований. Подобная версия не делает чести ее изобретателям, кем бы они ни были. Несмотря на войну экспертиз и нарушение правовых норм, епархия смогла заключить договор на археологические наблюдения при проведении строительных работ на месте дома Передольского (договор № 22 от 20 августа 2001 г.). Чуть позже состоялось решение Новгородской администрации от 26 сентября 2001 г., где епархии давалось разрешение на проектирование и новое строительство на месте разрушенного дома.
Настала очередь правовых действий. 17 сентября 2001 г. НОЛД подает в суд иск, адресованный органам охраны памятников, о признании недействительным акта согласования, выданного Управлением на строительство каменного дома. Была заказана экспертиза Федерального научно-методического совета по сохранению культурного наследия. Такое экспертное заключение, за подписью заместителей председателя совета директора Института искусствознания А. Комеча и директора Института Российского культурного и природного наследия В. Веденина, а также кандидата юридических наук Н. Потаповой, появилось 3 декабря 2001 г. Оно однозначно отрицало возможность нового каменного строительства на месте утраченного памятника. 25 января 2002 г. федеральный судья Н. Жукова, привлекшая епархию к суду в качестве соответчика, признала действия чиновников незаконными. Решение суда по гражданскому делу № 2-54/02 гласило, что «памятник как объект реставрации утрачен, т. е. фактически снесен». Согласование объявлялось недействительным, поскольку было выдано на «восстановление», хотя в действительности имело место новое строительство. Отсутствовала необходимая проектная документация. Было нарушено и решение Новгородской городской думы от 19 декабря 1996 г. № 36 «Об утверждении правил землепользования и застройки в г. Новгороде», которое требовало проведения полномасштабных археологических раскопок. К сожалению, суд отклонил требование Общества о восстановлении дома в дереве, поскольку посчитал его преждевременным. Однако, несмотря на остановку работ, потребованную судом еще 16 октября 2001 г., епархия продолжала строительство вплоть до середины февраля, успев залить бетонную плиту и частично построить первый этаж. Только после вмешательства прокурора работы были остановлены, причем в ответном письме (18 февраля 2002 г. № 86/13) архиепископ утверждал, что строительство якобы было прекращено еще 26 января.
В дальнейшем маленькая победа гражданского общества была поглощена административным ресурсом. Весь вопрос уперся в интерпретацию судебного решения и его значение для будущего строительства. 15 марта 2002 г. НОЛД обратилось в прокуратуру с просьбой установить виновных в утрате памятника. В ответ пришла отписка с традиционной формулой: «Факты подтвердились». 1 октября любители древности опять написали прокурору с просьбой принять меры прокурорского реагирования. 20 декабря 2002 г. областная прокуратура переадресовала это письмо УГКОПИК, рекомендуя ему, как контролирующему органу, провести служебную проверку по факту утраты памятника и решить вопрос об ответственности лиц. Управление отделалось отпиской, из которой можно было понять, что дом снес себя самостоятельно. К тому времени Управление возглавил Георгий Сидельников.